| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,501,002 | G→A | 5.2% | intergenic (‑211/‑258) | yjgX ← / → yjgZ | pseudogene fragment/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,501,002 | 0 | G | A | 5.2% | 301.1 / 2.9 | 92 | intergenic (‑211/‑258) | yjgX/yjgZ | pseudogene fragment/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (51/36); new base A (3/2); total (54/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
TGGCAATCGCCGGGCTCTTCCTGCATGTTACACTGGTACTGCAAGAGGGGGCCTTCGCTCCTCTGACATTACTCAGTATTTTCACTACTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTATGGACTTCTCTTGTTGCACGATCGATCAATTGTTATGCATGCTGACACCACAACCCCGGTGGGTATGACCGATGCCTTTCTCACTCTCTTCCCGGTCATCGTCGGCCTTCCCCGTTATTGTGGCGT > NC_000913/4500856‑4501149 | tGGCAATCGCCGGGCTCTTCCTGCATGTTACACTGGTACTGCAAGAGGGGGCCTTCGCTCCTCTGACATTACTCAGTATTTTCACTACTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGCTGCCCGTc > 3:362991/1‑149 (MQ=255) ggCAATCGCCGGGCTCTTCCTGCATGTTACACTGGTACTGCAAGAGGGGGCCTTCGCTCCTCTGACATTACTCAGTATTTTCACTACTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCa > 4:294224/1‑149 (MQ=255) gCAATCGCCGGGCTCTTCCTGCATGTTACACTGGTACTGCAAGAGGGGGCCTTCGCTCCTCTGACATTACTCAGTATTTTCACTACTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCAc > 1:398600/1‑149 (MQ=255) aaTCGCCGGGCTCTTCCTGCATGTTACACTGGTACTGCAAGAGGGGGCCTTCGCTCCTCTGACATTACTCAGTATTTTCACTACTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCAccc > 4:537721/1‑149 (MQ=255) aaTCGCCGGGCTCTTCCTGCATGTTACACTGGTACTGCAAGAGGGGGCCTTCGCTCCTCTGACATTACTCAGTATTTTCACTACTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCAccc < 1:376291/149‑1 (MQ=255) aaTCGCCGGGCTCTTCCTGCATGTTACACTGGTACTGCAAGAGGGGGCCTTCGCTCCTCTGACATTACTCAGTATTTTCACTACTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCAccc > 1:50875/1‑149 (MQ=255) caccGGGCTCTTCCTGCATGTTACACTGGTACTGCAAGAGGGGGCCTTCGCTCCTCTGACATTACTCAGTATTTTCACTACTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGga < 3:200471/147‑1 (MQ=255) ctctTCCTGCATGTTACACTGGTACTGCAAGAGGGGGCCTTCGCTCCTCTGACATTACTCAGTATTTTCACTACTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGacac > 3:94627/1‑149 (MQ=255) ttCCTGCATGTTACACTGGTACTGCAAGAGGGGGCCTTCGCTCCTCTGACATTCCTCAGTATTTTCACTACTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGt > 1:360566/1‑149 (MQ=255) cTGCATGTTACACTGGTACTGCAAGAGGGGGCCTTCGCTCCTCTGACATTACTCAGTATTTTCACTACTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTAt > 2:560448/1‑149 (MQ=255) cTGCATGTTACACTGGTACTGCAAGAGGGGGCCTTCGCTCCTCTGACATTACTCAGTATTTTCACTACTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTAt < 2:104272/149‑1 (MQ=255) cTGCATGTTACACTGGTACCGCAAGAGGGGGCCTTCGCTCCTCTGACATTACTCAGTATTTTCACTGCTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTAt > 4:404730/1‑149 (MQ=255) tGCATGTTACACTGGTACTGCAAGAGGGGGCCTTCGCTCCTCTGACATTACTCAGTATTTTCACTACTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTATg > 2:587079/1‑149 (MQ=255) tGCATGTTACACTGGTACTGCAAGAGGGGGCCTTCGCTCCTCTGACATTACTCAGTATTTTCACTACTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTATg > 4:131680/1‑149 (MQ=255) gTTACACTGGTACTGCAAGAGGGGGCCTTCGCTCCTCTGACATTACTCAGTATTTTCACTACTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTATGGACtt < 4:262297/149‑1 (MQ=255) ttACACTGGTACTGCAAGAGGGGGCCTTCGCTCCTCTGACATTACTCAGTATTTTCACTACTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTATGGACTtc > 1:125607/1‑149 (MQ=255) cacTGGTACTGCAAGAGGGGGCCTTCGCTCCTCTGACATTACTCAGTATTTTCACTACTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTATGGACTTctct < 3:229938/149‑1 (MQ=255) acTAGTACTGCGAGAGGGGGCCTTCGCTCCTCTGACATTACTCAGTATTTTCACTACTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTATGGACTTCTCtt > 4:502078/1‑149 (MQ=255) 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gggCCTTCGCTCCTCTGACATTACTCAGTATTTTCACTACTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTATGGACTTCTCTTGTTGCACGATCGATCaa > 3:220316/1‑149 (MQ=255) gCCTTCGCTCCTCTGACATTACTCAGTATTTTCACTACTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTATGGACTTCTCTTGTTGCACGATCGATCAAt < 3:167909/148‑1 (MQ=255) gCCTTCGCTCCTCTGACATTACTCAGTATTTTCACTACTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTATGGACTTCTCTTGTTGCACGATCGATCAAt > 4:167909/1‑148 (MQ=255) gCCTTCGCTCCTCTGACATTACTCAGTATTTTCACTACTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCATCACCCGGACAGACACCGTTAt > 2:456176/1‑119 (MQ=255) gCCTTCGCTCCTCTGACATTACTCAGTATTTTCACTACTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCATCACCCGGACAGACACCGTTAt < 1:456176/119‑1 (MQ=255) ttCGCTCCTCTGACATTACTCAGTATTTTCACTACTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTATGGACTTCTCTTGTTGCACGATCGATCAATTGtt > 1:531787/1‑149 (MQ=255) 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ccGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTATGGACTTCTCTTGTTGCACGATCGATCAATTGTTATGCATGCTGACACCACAACCCCGGTGGGTATGACCGATGCCTTTCTCACTCTCTTCCCgg < 4:510712/149‑1 (MQ=255) cGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTATGGACTTCTCTTGTTGCACGATCGATCAATTGTTATGCATGCTGACACCACAACCCCGGTGGGTATGACCGATGCCTTTCTCACTCTCTTCCCGGt < 4:228567/149‑1 (MQ=255) aCCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTATGGACTTCTCTTGTTGCACGATCGATCAATTGTTATGCATGCTGACACCACAACCCCGGTGGGTa < 3:356343/112‑1 (MQ=255) aCCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTATGGACTTCTCTTGTTGCACGATCGATCAATTGTTATGCATGCTGACACCACAACCCCGGTGGGTa > 4:356343/1‑112 (MQ=255) cccTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTATGGACTTCTCTTGTTGCACGATCGATCAATTGTTATGCATGCTGACACCACAACCCCGGTGGGTATGACCGATGCCTTTCTCACTCTCTTCCCGGTCATCGTCgg > 3:420680/1‑149 (MQ=255) cccTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTATGGACTTCTCTTGTTGCACGATCGATCAATTGTTATGCATGCTGACACCACAACCCCGGTGGGTATGACCGATGCCTTTCTCACTCTCTTCCCGGTCATCGTCgg < 2:398600/149‑1 (MQ=255) tCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTATGGACTTCTCTTGTTGCACGATCGATCAATTGTTATGCATGCTGACACCACAACCCCGGTGGGTATGACCGATGCCTTTCTCACTCTCTTCCCGGTCATCGTCGGCCt > 3:225169/1‑149 (MQ=255) tCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTATGGACTTCTCTTGTTGCACGATCGATCAATTGTTATGCATGCTGACACCACAACCCCGGTGGGTATGACCGATGCCTTTCTCACTCTCTTCCCGGTCATCGTCGGCCt > 3:363762/1‑149 (MQ=255) gcgAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTATGAACTTCTCTTCTTGCCCGATCGATCAATTGTTATGCATGCTGACACCACAACCCCGGTGGGTATGACCGATGCCTTTCACGCTCTCTTCCCGGTCATCGTCGGCCTTc < 4:585804/149‑1 (MQ=255) cgAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTATGGACTTCTCTTGTTGCACGATCGATCAATTGTTATGCATGCTGACACCACAACCCCGGTGGGTATGACCGATGCCTTTCTCACTCTCTTCCCGGTCATCGTCGGCCTTcc < 2:344239/149‑1 (MQ=255) gCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTATGGACTTCTCTTGTTGCACGATCGATCAATTGTTATGCATGCTGACACCACAACCCCGGTGGGTATGACCGATGCCTTTCTCACTCTCTTCCCGGTCATCGTCGGCCTTCCCCGt < 3:182772/149‑1 (MQ=255) ttgCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTATGGACTTCTCTTGTTGCACGATCGATCAATTGTTATGCATGCTGACACCACAACCCCGGTGGGTATGACCGATGCCTTTCTCACTCTCTTCCCGGTCATCGTCGGCCTTCCCCGTTATtgt < 3:445615/149‑1 (MQ=255) gCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTATGGACTTCTCTTGTTGCACGATCGATCAATTGTTATGCATGCTGACACCACAACCCCGGTGGGTATGACCGATGCCTTTCTCACTCTCTTCCCGGTCATCGTCGGCCTTCCCCGTTATTGTgg > 2:4822/1‑149 (MQ=255) cccGTCACCCGGACAGACACCGTTATGGACTTCTCTTGTTGCACGATCGATCAATTGTTATGCATGCTGACACCACAACCCCGGTGGGTATGACCGATGCCTTTCTCACTCTCTTCCCGGTCATCGTCGGCCTTCCCCGTTATTGTGGc > 2:428906/1‑149 (MQ=255) cGTCACCCGGACAGACACCGTTATGGACTTCTCTTGTTGCACGATCGATCAATTGTTATGCATGCTGACACCACAACCCCGGTGGGTATGACCGATGCCTTTCTCACTCTCTTCCCGGTCATCGTCGGCCTTCCCCGTTATTGTGGCgt > 3:555118/1‑149 (MQ=255) | TGGCAATCGCCGGGCTCTTCCTGCATGTTACACTGGTACTGCAAGAGGGGGCCTTCGCTCCTCTGACATTACTCAGTATTTTCACTACTACACCCCATCTGCCATCCATAACAACCGATTCACCCCCTCGCGAGGCGTTGTTGCCCGTCACCCGGACAGACACCGTTATGGACTTCTCTTGTTGCACGATCGATCAATTGTTATGCATGCTGACACCACAACCCCGGTGGGTATGACCGATGCCTTTCTCACTCTCTTCCCGGTCATCGTCGGCCTTCCCCGTTATTGTGGCGT > NC_000913/4500856‑4501149 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |