| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3943834 = | 0 (0.000) | 12 (0.120) | 12/246 | NT | 100% | noncoding (131/2904 nt) | rrlC | 23S ribosomal RNA of rrnC operon |
| ? | NC_000913 | 4037667 = | NA (NA) | noncoding (149/2905 nt) | rrlA | 23S ribosomal RNA of rrnA operon | |||||
AACATCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGCGTACACGGTGGATGCCCTGGCAGTCAGAGGCGATGAAGGACGTGCTAATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACCGTTATAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCTGAA > NC_000913/3943686‑3943982 | actaacacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgata > 4:154818‑M1/149‑149 (MQ=255)actaacacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgata < 3:935823‑M1/1‑1 (MQ=255)actaacacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgata < 3:281426‑M1/1‑1 (MQ=255)actaacacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgata > 3:802392‑M1/149‑149 (MQ=255)actaacacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgata < 3:655430‑M1/1‑1 (MQ=255)actaacacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgata < 3:519283‑M1/1‑1 (MQ=255) ctaacacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgata < 1:580869‑M1/1‑1 (MQ=255) ctaacacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgata > 2:500142‑M1/148‑148 (MQ=255) ctaacacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgata > 2:531720‑M1/148‑148 (MQ=255) ctaacacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgata < 2:881608‑M1/1‑1 (MQ=255) ctaacacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgata < 1:128044‑M1/1‑1 (MQ=255) taacacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAgt > 3:455114‑M1/147‑149 (MQ=255) taacacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAgt > 3:399475‑M1/147‑149 (MQ=255) taacacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAgt > 3:857880‑M1/147‑149 (MQ=255) taacacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAgt > 4:705905‑M1/147‑149 (MQ=255) taacacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAg < 1:620908‑M1/2‑1 (MQ=255) taacacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAg > 1:88612‑M1/147‑148 (MQ=255) taacacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAg > 1:204962‑M1/147‑148 (MQ=255) taacacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactcggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAg > 1:170033‑M1/147‑148 (MQ=255) aacacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAgt < 2:561406‑M1/3‑1 (MQ=255) aacacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAgt < 2:8751‑M1/3‑1 (MQ=255) acacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAgtgt > 4:721763‑M1/145‑149 (MQ=255) acacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAgtgt > 4:290828‑M1/145‑149 (MQ=255) acacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAgtgt > 4:137050‑M1/145‑149 (MQ=255) acacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAgtgt < 4:111952‑M1/5‑1 (MQ=255) acacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAgtg > 2:499855‑M1/145‑148 (MQ=255) cacacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAgtgt < 2:223435‑M1/5‑1 (MQ=255) acacacgctgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaaccgatggattcagttaatgatAgtgtg > 2:118577‑M1/143‑148 (MQ=255) acacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgcctctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAgtgtgt < 3:628287‑M1/7‑1 (MQ=255) acacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAgtgtgt < 4:935516‑M1/7‑1 (MQ=255) acacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAgtgtgt > 4:640133‑M1/143‑149 (MQ=255) acacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAgtgtgt < 3:292764‑M1/7‑1 (MQ=255) acacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAgtgtg > 2:242320‑M1/143‑148 (MQ=255) cacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAgtgtgt > 1:831913‑M1/142‑148 (MQ=255) cacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAgtgtgt < 2:679440‑M1/7‑1 (MQ=255) cacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAgtgtgt < 1:259982‑M1/7‑1 (MQ=255) cacacactgattcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAgtgtgt < 1:797402‑M1/7‑1 (MQ=255) attcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAGTGTGTTTCGacaca > 2:396528‑M1/133‑148 (MQ=255) tcaggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAGTGTGTTTCGACACACt > 1:639783‑M1/131‑148 (MQ=255) ggctctgggctgctccccgttcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAGTGTGTTTCGACACACTATCa > 3:821905‑M1/128‑149 (MQ=255) ggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgata > 4:398089‑M1/92‑92 (MQ=255) ggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgata < 3:398089‑M1/1‑1 (MQ=255) tcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAg > 1:185335‑M1/84‑85 (MQ=255) tcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAg < 2:185335‑M1/2‑1 (MQ=255) gttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAgt < 3:706354‑M1/3‑1 (MQ=255) gttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAgt > 4:706354‑M1/81‑83 (MQ=255) gttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAGTGTGTTTCGacaca < 1:393235‑M1/16‑1 (MQ=255) gttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAGTGTGTTTCGacaca > 2:393235‑M1/81‑96 (MQ=255) gtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAgt > 3:741709‑M1/51‑53 (MQ=255) gtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatAgt < 4:741709‑M1/3‑1 (MQ=255) tcattaacctatggattcagttaatgatAGTGTGTCGAAACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAgcggcg < 1:778808‑M1/120‑1 (MQ=255) tggattcagttaatgatAGTGTGTCGAAACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGGCGAGCGAACgggg > 2:778808‑M1/18‑148 (MQ=255) ttcagttaatgatAGTGTGTCGAAACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGgcgagcga > 1:417189‑M1/14‑138 (MQ=255) ttcagttaatgatAGTGTGTCGAAACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGgcgagcga < 2:417189‑M1/125‑1 (MQ=255) tcagttaatgatAGTGTGTCGAAACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGaa < 1:565331‑M1/92‑1 (MQ=255) tcagttaatgatAGTGTGTCGAAACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGaa > 2:565331‑M1/13‑104 (MQ=255) ttaatgatAGTGTGTCGAAACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCag < 4:637431‑M1/141‑1 (MQ=255) atgatAGTGTGTCGAAACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGc < 4:826076‑M1/144‑1 (MQ=255) atgatAGTGTGTCGAAACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGc < 3:205454‑M1/144‑1 (MQ=255) AGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGATGCGAACCGAGGGAACTGTAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCTGaa > 4:775683‑M1/1‑149 (MQ=255) AGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCTGaa < 4:519283‑M1/149‑1 (MQ=255) AGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCTGaa < 4:912198‑M1/149‑1 (MQ=255) AGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCTGaa > 3:893177‑M1/1‑149 (MQ=255) AGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCTGaa < 3:393838‑M1/149‑1 (MQ=255) AGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCTGaa > 4:792168‑M1/1‑149 (MQ=255) AGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCTGa > 4:903986‑M1/1‑148 (MQ=255) AGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCTGa > 2:232465‑M1/1‑148 (MQ=255) AGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCTGa < 1:289002‑M1/148‑1 (MQ=255) AGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCTGa < 3:903986‑M1/148‑1 (MQ=255) AGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCTGa < 2:64624‑M1/148‑1 (MQ=255) | AACATCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGCGTACACGGTGGATGCCCTGGCAGTCAGAGGCGATGAAGGACGTGCTAATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACCGTTATAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCAGTAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCTGAA > NC_000913/3943686‑3943982 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |