| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 963,764 | G→A | 5.5% | intergenic (+96/‑64) | rpsA → / → ihfB | 30S ribosomal subunit protein S1/integration host factor (IHF), DNA‑binding protein, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 963,764 | 0 | G | A | 5.5% | 359.8 / 6.9 | 108 | intergenic (+96/‑64) | rpsA/ihfB | 30S ribosomal subunit protein S1/integration host factor (IHF), DNA‑binding protein, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (43/59); new base A (2/4); total (45/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CCAACAACGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCTACGGCCGCCCTTAATCAATGCAGCAACAGCAGCCGCTTAATTTGCCTTTAAGGAACCGGAGGAATCATGACCAAGTCAGAATTGATAGAAAGACTTGCCACCCAGCAATCGCACATTCCCGCCAAGACGGTTGAAGATGCAGTAAAA > NC_000913/963622‑963908 | ccAACAACGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCTACGgccgc > 1:317336/1‑148 (MQ=255) aacaacGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCCGTAGCCGCCCt < 4:777919/149‑1 (MQ=255) acaacGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCTACGGCCGCCCtt < 3:857932/149‑1 (MQ=255) caacGCAATGGCTGAAGCTTTCAAAGCAGCTAAAGGCGAGTAATTCTCTGACTCTTCGGGATTTTTATTCCGAAGTTTGTTGAGTTTACTTGACAGATTGCAGGTTTCGTCCTGTAATCAAGCACTAAGGGCGGCCGTAGCCGCCCtt < 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NC_000913/963622‑963908 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |