| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,572,928 | C→G | 6.1% | A759P (GCA→CCA) | pqqL ← | putative periplasmic M16 family zinc metalloendopeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,572,928 | 0 | C | G | 6.1% | 460.9 / 16.4 | 130 | A759P (GCA→CCA) | pqqL | putative periplasmic M16 family zinc metalloendopeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (55/67); new base G (5/3); total (60/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
AAGAAACGCTGTATGCTCCAGATGCCTGTTCACGAATATTAACACGTAGATCTTTTGCCAGTGCGACGTTAAAAGCATCGAGCGCCATACGCGTCGGCAGATTAACAGGTGTCCGGGAATCATAACGCTTCCACTGTGAAACCTGTGCCACAGGTTCATTTTGTTCTTTTACAGTAACCGATGCGTTGTCCGTCGCGCGAGTTAATGGTTTACCTGCGGCTAATGGCGAATCAGAGTGTTTGATTGATCCTAAGTAACGCGTAATTAACGCCACGAGTTTGTCTTCTGCG > NC_000913/1572781‑1573070 | aaaCGCTGTATGCCCCAGATGCCTGTTCACGAATATTAACACGTAGATCTTTTGCCAGTGCGACGTTAAAAGCATCGAGCGCCATACGCGTCGGCAGATTAACAGGTGTCCGGGAATCATAACGCTTCCACTGTGAAACCTGTGCcac > 1:262946/1‑148 (MQ=255) aaCGCTGTATGCTCCAGATGCCTGTTCACGAATATTAACACGTAGATCTTTTGCCAGTGCGACGTTAAAAGCATCGAGCGCCATACGCGTCGGCAGATTAACAGGTGTCCGGGAATCATAACGCTTCCACTGTGAAACTTGTGCCACAg < 3:61659/149‑1 (MQ=255) tGCTCCAGATGCCTGTTCACGAATATTAACACGTAGATCTTTTGCCAGTGCGACGTTAAAAGCATCGAGCGCCATACGCGTCGGCAGATTAACAGGTGTCCGGGAATCATAACGCTTCCACTGTGAAACCTGTGCCACAGGTTCAtttt < 4:16342/149‑1 (MQ=255) tCCAGATGCCTGTTCACGAATATTAACACGTAGATCTTTTGCCAGTGCGACGTTAAAAGCATCGAGCGCCATACGCGTCGGCAGATTAACAGGTGTCCGGGAATCATAACGCTTCCACTGTGAAACCTGTGCCACAGGTTCATTTTGtt > 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tGTTCACGAATATTAACACGTAGATCTTTTGCCAGTGCGACGTTAAAAGCATCGAGCGCCATACGCGTCGGCAGATTAACAGGTGTCCGGGAATCATAACGCTTCCACTGTGAAACCTGTGCCACAGGTTCATTTTGTTCTTTTACAGt > 4:601088/1‑149 (MQ=255) aCGAATATTAACACGTAGATCTTTTGCCAGTGCGACGTTAAAAGCATCGAGCGCCATACGCGTCGGCAGATTAACAGGTGTCCGGGAATCATAACGCTTCCACTGTGAAACCTGTGCCACAGGTTCATTTTGTTCTTTTACAGTAACCg > 3:768923/1‑149 (MQ=255) cGAATATTAACACGTAGATCTTTTGCCAGTGCGACGTTAAAAGCATCGAGCGCCATACGCGTCGGCAGATTAACAGGTGTCCGGGAATCATAACGCTTCCACTGTGAAACCTGTGCCACAGGTTCATTTTGTTCTTTTACAGTAACCg > 2:766256/1‑148 (MQ=255) cGAATATTAACACGTAGATCTTTTGCCAGTGCGACGTTAAAAGCATCGAGCGCCATACGCGTCGGCAGATTAACAGGTGTCCGGGAATCATAACGCTTCCACTGTGAAACCTGTGCCACAGGTTCATTTTGTTCTTTTACAGTAACCg > 2:21230/1‑148 (MQ=255) gAATATTAACACGTAGATCTTTTGCCAGTGCGACGTTAAAAGCATCGAGCGCCATACGCGTCGGCAGATTAACAGGTGTCCGGGAATCATAACGCTTCCACTGTGAAACCTGTGCCACAGGTTCATTTTGTTCTTTTACAGTAACCGAt > 3:296218/1‑149 (MQ=255) 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aCGCTTCCACTGTGAAACCTGTGCCACAGGTTCATTTTGTTCTTTTACAGTAACCGATGCGTTGTCCGTCGCGCGAGTTAATGGTTTACCTGCGGCTAATGGCGAATCAGAGTGTTTGATTGATCCTAAGTAACGCGTAATTAACGCCa > 4:292625/1‑149 (MQ=255) gCTTCCACTGTGAAACCTGTGCCACAGGTTCATTTTGTTCTTTTACAGTAACCGATGCGTTGTCCGTCGCGCGAGTTAATGGTTTACCTGCGGCTAATGGCGAATCAGAGTGTTTGATTGATCCTAAGTAACGCGTAATTAACGCCAc > 1:239899/1‑148 (MQ=255) cTTCCACTGTGAAACCTGTGCCACAGGTTCATTTTGTTCTTTTACAGTAACCGATGCGTTGTCCGTCGCGCGAGTTAATGGTTTACCTGCGGCTAATGGCGAATCAGAGTGTTTGATTGATCCTAAGTAACGCGTAATTAACGCCACg > 2:20853/1‑148 (MQ=255) cTTCCACTGTGAAACCTGTGCCACAGGTTCATTTTGTTCTTTTACAGTAACCGATGCGTTGTCCGTCGCGCGAGTTAATGGTTTACCTGCGGCTAATGGCGAATCAGAGTGTTTGATTGATCCTAAGTAACGCGTAATTAACGCCACg > 2:80934/1‑148 (MQ=255) tCCACTGTGAAACCTGTGCCACAGGTTCATTTTGTTCTTTTACAGTAACCGATGCGTTGTCCGTCGCGCGAGTTAATGGTTTACCTGCGGCTAATGGCGAATCAGAGTGTTTGATTGATCCTAAGTAACGCGTAATTAACGCCACGAGt < 3:735434/149‑1 (MQ=255) cACTGTGAAACCTGTGCCACAGGTTCATTTTGTTCTTTTACAGTAACCGATGCGTTGTCCGTCGCGCGAGTTAATGGTTTACCTGCGGCTAATGGCGAATCAGAGTGTTTGATTGATCCTAAGTAACGCGTAATTAACGCCACGAGtt < 2:262946/148‑1 (MQ=255) cACTGTGAAACCTGTGCCACAGGTTCATTTTGTTCTTTTACAGTAACCGATGCGTTGTCCGTCGCGCGAGTTAATGGTTTACCTGCGGCTAATGGCGAATCAGAGTGTTTGATTGATCCTAAGTAACGCGTAATTAACGCCACGAGtt < 2:868458/148‑1 (MQ=255) aaaatgaaCCTGTGGCACAGGTTCATTTTGTTCTTTTACAGTAACCGATGCGTTGTCCGTCGCGCGAGTTAATGGTTTACCTGCGGCTAATGGCGAATCAGAGTGTTTGATTGATCCTAAGTAACGCGTAATTAACGCCACGAGTTTGt > 4:732221/7‑149 (MQ=255) tgtgAAACCTGTGCCACAGGTTCATTTTGTTCTTTTACAGTAACCGATGCGTTGTCCGTCGCGCGAGTTAATGGTTTACCTGCGGCTAATGGCGAATCAGAGTGTTTGATTGATCCTAAGTAACGCGTAATTAACGCCACGAGTTTGtc > 3:457194/1‑149 (MQ=255) tgtgAAACCTGGGCCACAGGTTCATTTTGTTCTTTTACAGTAACCGATGCGTTGTCCGTCGCGCGAGTTAATGGTTTACCTGCGGCTAATGGCGAATCAGAGTGTTTGATTGATCCTAAGTAACGCGTAATTAACGCCACGAGTTTGt < 2:878294/148‑1 (MQ=255) aatgaaCCTGTGGCACAGGTTCATTTTGTTCTTTTACAGTAACCGATGCGTTGTCCGTCGCGCGAGTTAATGGTTTACCTGCGGCTAATGGCGAATCAGAGTGTTTGATTGATCCTAAGTAACGCGTAATTAACGCCACGAGttt < 4:172668/141‑1 (MQ=255) tgAAACCTGTGCCACAGGTTCATTTTGTTCTTTTACAGTAACCGATGCGTTGTCCGTCGCGCGAGTTAATGGTTTACCTGCGGCTAATGGCGAATCAGAGTGTTTGATTGATCCTAAGTAACGCGTAATTAACGCCACGAGTTTGtctt > 3:788249/1‑149 (MQ=255) atgaaCCTGTGGCACAGGTTCATTTTGTTCTTTTACAGTAACCGATGCGTTGTCCGTCGCGCGAGTTAATGGTTTACCTGCGGCTAATGGCGAATCAGAGTGTTTGATTGATCCTAAGTAACGCGTAATTAACGCCACGAGTTTGtct > 2:270200/4‑148 (MQ=255) aaCCTGTGGCACAGGTTCATTTTGTTCTTTTACAGTAACCGATGCGTTGTCCGTCGCGCGAGTTAATGGTTTACCTGCGGCTAATGGCGAATCAGAGTGTTTGATTGATCCTAAGTAAcg > 1:829940/1‑120 (MQ=255) | AAGAAACGCTGTATGCTCCAGATGCCTGTTCACGAATATTAACACGTAGATCTTTTGCCAGTGCGACGTTAAAAGCATCGAGCGCCATACGCGTCGGCAGATTAACAGGTGTCCGGGAATCATAACGCTTCCACTGTGAAACCTGTGCCACAGGTTCATTTTGTTCTTTTACAGTAACCGATGCGTTGTCCGTCGCGCGAGTTAATGGTTTACCTGCGGCTAATGGCGAATCAGAGTGTTTGATTGATCCTAAGTAACGCGTAATTAACGCCACGAGTTTGTCTTCTGCG > NC_000913/1572781‑1573070 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |