| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,062,356 | C→A | 6.2% | intergenic (+21/+35) | asnV → / ← ldtA | tRNA‑Asn/L,D‑transpeptidase linking Lpp to murein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,062,356 | 0 | C | A | 6.2% | 398.2 / 11.5 | 113 | intergenic (+21/+35) | asnV/ldtA | tRNA‑Asn/L,D‑transpeptidase linking Lpp to murein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/56); new base A (3/4); total (53/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.10e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CCTTTGACATCACCATGCACTGCCATTAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGTTGATAAACGC > NC_000913/2062210‑2062498 | ccTTTGACATCACCATGCACTGCCATTAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCt < 1:742080/148‑1 (MQ=255)ccTTTGACATCACCATGCACTGCCATTAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTa > 3:181821/1‑149 (MQ=255) tttGACATCACCATGCACTGCCATTAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAg > 2:535358/1‑148 (MQ=255) tGACATCACCATGCACTGCCATTAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAg < 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aaaaaaGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGtt > 3:770878/1‑149 (MQ=255) aaaaaaGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGtt < 4:294849/149‑1 (MQ=255) aaaaaaGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGt < 1:688101/148‑1 (MQ=255) aaaaaaGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGt < 2:289314/148‑1 (MQ=255) aaaaaaGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGt < 2:347025/148‑1 (MQ=255) aaaaGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGTTg > 2:440352/1‑148 (MQ=255) aaaGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACgc > 1:686973/1‑110 (MQ=255) aaaGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACgc < 2:686973/110‑1 (MQ=255) aaaGCCTGCTAGAAAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGTTGa > 1:322804/1‑148 (MQ=255) tGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGTTGATAAACg > 2:412222/1‑148 (MQ=255) gCTTTCCAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGTTGATAAACGc > 1:961396/1‑148 (MQ=255) | CCTTTGACATCACCATGCACTGCCATTAATATGCGCCCCGTTCACACGATTCCTCTGTAGTTCAGTCGGTAGAACGGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCAAAAAAGCCTGCTTTCTAGCAGGCTTTTTGCTTTCTAATTACCAACGCTCTTAAAACATCTGTCTTGAACCAGAACTAATTTGCACAGGCATTCCCGATCGACGTTGCAACGCAGCATTTGCGCGATTTACATCAACTTCTTGCCCGTTGATAAACGC > NC_000913/2062210‑2062498 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |