| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 169,749 | T→A | 10.1% | intergenic (+22/‑29) | fhuA → / → fhuC | ferrichrome outer membrane transporter/iron(3+)‑hydroxamate import ABC transporter ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 169,749 | 0 | T | A | 10.1% | 416.0 / 28.6 | 128 | intergenic (+22/‑29) | fhuA/fhuC | ferrichrome outer membrane transporter/iron(3+)‑hydroxamate import ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (61/54); new base A (6/7); total (67/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
TCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAATACGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGAC > NC_000913/169602‑169896 | ggCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAATACGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGccc > 3:96173/1‑149 (MQ=255) cATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAATACGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGAAATCCGTGccccaaaaga < 3:448706/149‑8 (MQ=255) aTGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAATACGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTcaca > 4:83154/1‑149 (MQ=255) tGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAATACGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTcaca < 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> 3:532159/1‑122 (MQ=255) gATCGTGAATACGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGAAATCCGTGc < 4:532159/122‑1 (MQ=255) aTCGTGAATACGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAg > 2:447980/1‑148 (MQ=255) aTCGTGAATACGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAg > 2:351417/1‑148 (MQ=255) tCGTGAATACGTCACCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGa > 3:792143/1‑149 (MQ=255) gTGAATACGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGaa < 1:623243/148‑1 (MQ=255) 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ggggCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGcc < 2:362478/148‑1 (MQ=255) gggCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCgg < 3:300374/149‑1 (MQ=255) gggCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATACGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCg < 1:42025/148‑1 (MQ=255) gggCACGGAAATCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCgg > 3:6731/1‑149 (MQ=255) ggCACGGAAATCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCttt > 1:465833/1‑95 (MQ=255) ggCACGGAAATCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCttt < 2:465833/95‑1 (MQ=255) aCGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTTTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGaaa > 3:286282/1‑149 (MQ=255) aCGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGaa < 2:719722/148‑1 (MQ=255) gATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGt > 1:652365/1‑148 (MQ=255) ttCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGAc < 2:641169/148‑1 (MQ=255) ttCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGAc > 1:178173/1‑148 (MQ=255) | TCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAATACGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGAC > NC_000913/169602‑169896 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |