| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,971,996 | T→A | 7.8% | L246Q (CTG→CAG) | wecC → | UDP‑N‑acetyl‑D‑mannosaminuronic acid dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,971,996 | 0 | T | A | 7.8% | 298.3 / 13.1 | 90 | L246Q (CTG→CAG) | wecC | UDP‑N‑acetyl‑D‑mannosaminuronic acid dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/44); new base A (2/5); total (40/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.33e-01 | |||||||||||
GAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAGCTCACCGAAAACAGCTTCCGCGATGTGAATATCGCTTTTGCTAATGAATTGTCGCTGATTTGTGCCGATCAGGGGATTAACGTCTGGGAACTGATTCGCCTGGCGAATCGTCACCCTCGCGTTAATATTCTTCAGCCTGGCCCTGGCGTGGGCGGTCACTGCATTGCTGTTGATCCGTGGTTTATCGTGGCACAGAACCCCCAGCAGGCGCGGCTTATCCGTACCGCGCGCGAAGTGAACGATCACAAA > NC_000913/3971848‑3972144 | gAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAGCTCACCGAAAACAGCTTCCGCGATGTGAATATCGCTTTTGCTAATGAATTGTCGCTGATTTGTGCCGATCAGGGGATTAACGTCTGGGAACTGATTCGCCt < 4:193141/149‑1 (MQ=255) aaGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAGCTCACCGAAAACAGCTTCCGCGATGTGAATATCGCTTTTGCTAATGAATTGTCGCTGATTTGTGCCGATCAGGGGATTAACGTCTGGGAACTGATTCGCCt < 2:181618/148‑1 (MQ=255) aGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAGCTCACCGAAAACAGCTTCCGCGATGTGAATATCGCTTTTGCTAATGAATTGTCGCTGATTTGTGCCGATCAGGGGATTAACGTCTGGGAACTGATTCGCCtag < 3:908393/149‑3 (MQ=255) 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ttAACGTCTGGGAACTGATTCGCCTGGCGAATCGTCACCCTCGCGTTAATATTCTTCAGCCTGGCCCTGGCGTGGGCGGTCACTGCATTGCTGTTGATCCGTGGTTTATCGTGGCACAGAACCCCCAGCAGGCGCGGCTTATCCGTAc > 2:605960/1‑148 (MQ=255) cGTCTGGGAACTGATTCGCCTGGCGAATCGTCACCCTCGCGTTAATATTCTTCAGCCTGGCCCTGGCGTGGGCGGTCACTGCATTGCTGTTGATCCGTGGTTTATCGTGGCACAGAACCCCCAGCAGGCGCGGCTTATCCGTACcgcgc < 4:776581/149‑1 (MQ=255) gTCTGGGAACTGATTCGCCTGGCGAATCGTCACCCTCGCGTTAATATTCTTCAGCCTGGCCCTGGCGTGGGCGGTCACTGCATTGCTGTTGATCCGTGGTTTATCGTGGCACAGAACCCCCAGCAGGCGCGGCTTATCCGTACcgcgcg > 3:835956/1‑149 (MQ=255) tCTGGGAACTGATTCGCCTGGCGAATCGTCACCCTCGCGTTAATATTCTTCAGCCTGGCCCTGGCGTGGGCGGTCACTGCATTGCTGTTGATCCGTGGTTTATCGTGGCACAGAACCCCCAGCAGGCGCGGCTTATCCGTACcgcgcg > 1:471929/1‑148 (MQ=255) cTGGGAACTGATTCGCCTGGCGAATCGTCACCCTCGCGTTAATATTCTTCAGCCTGGCCCTGGCGTGGGCGGTCACTGCATTGCTGTTGATCCGTGGTTTATCGTGGCACAGAACCCCCAGCAGGCGCGGCTTATCCGTACcgcgcgc > 1:382180/1‑148 (MQ=255) tGGGAACTGATTCGCCTGGCGAATCGTCACCCTCGCGTTAATATTCTTCAGCCTGGCCCTGGCGTGGGCGGTCACTGCATTGCTGTTGATCCGTGGTTTATCGTGGCACAGAACCCCCAGCAGGCGCGGCTTATCCGTACCGCGCGCGa > 4:514013/1‑149 (MQ=255) ggAACTGATTCGCCTGGCGAATCGTCACCCTCGCGTTAATATTCTTCAGCCTGGCCCTGGCGTCGGCGGTCACTGCATTGCTGTTGATCCGTGGTTTATCGTGGCACAGAACCCCCAGCAGGCGCGGCTTATCCGTACCGCGCGCGAAg < 3:587946/149‑1 (MQ=255) gtgacgATTCGCCAGGCGAATCGGCACCCTCGCGGTAATATTCGTCAGCCTGGCCCTGGCGTGGGCGGTCACTGCATTGCGGTTGATCCGGGGTTTATCGTGGCCCAGAACCCCCAGCAGGCGCGGCTTATCCGTGCCGCGCGCGAAGt > 4:723455/6‑149 (MQ=255) gAACTGATTCGCCTGGCGAATCGTCACCCTCGCGTTAATATTCTTCAGCCTGGCCCTGGCGTGGGCGGTCACTGCATTGCTGTTGATCCGTGGTTTATCGTGGCACAGAACCCCCAGCAGGCGCGGCTTATCCGTACCGCGCGCGAAg > 2:914430/1‑148 (MQ=255) tGATTCGCCTGGCGAATCGTCACCCTCGCGTTAATATTCTTCAGCCTGGCCCTGGTGTGGGCGGTCACTGCATTGCTGTTGATCCGTGGTTTATCGTGGCACAGAACCCCCAGCAGGCGCGGCTTATCCGTACCGCGCGCGAAGTGAAc < 3:353164/149‑1 (MQ=255) gATTCGCCAGGCGAATCGTCACCCTCGCGTTAATATTCTTCAGCCTGGCCCTGGCGTGGGCGGTCACTGCATTGCTGTTGATCCGTGGTTTATCGTGGCACAGAACCCCCAGCAGGCGCGGCTTATCCGTACCGCGCGCGAAGTGAACg > 4:720127/1‑149 (MQ=255) ttCGCCTGGCGAATCGTCACCCTCGCGTTAATATTCTTCAGCCTGGCCCTGGCGTGGGCGGTCACTGCATTGCTGTTGATCCGTGGTTTATCGTGGCACAGAACCCCCAGCAGGCGCGGCTTATCCGTACCGCGCGCGAAGTGAACGa < 1:359582/148‑1 (MQ=255) tCGCCTGGCGAATCGTCACCCTCGCGTTAATATTCTTCAGCCTGGCCCTGGCGTGGGCGGTCACTGCATTGCTGTTGATCCGTGGTTTATCGTGGCACAGAACCCCCAGCAGGCGCGGCTTATCCGTACCGCGCGCGAAGTGAACGAt > 1:393705/1‑148 (MQ=255) ccTGGCGAATCGTCACCCTCGCGTTAATATTCTTCAGCCTGGCCCTGGCGTGGGCGGTCACTGCATTGCTGTTGATCCGTGGTTTATCGTGGCACAGAACCCCCAGCAGGCGCGGCTTATCCGTACCGCGCGCGAAGTGAACGATcac > 2:371650/1‑148 (MQ=255) tGGCGAATCGTCACCCTCGCGTTAATATTCTTCAGCCTGGCCCTGGCGTGGGCGGTCACTGCATTGCTGTTGATCCGTGGTTTATCGTGGCACAGAACCCCCAGCAGGCGCGGCTTATCCGTACCGCGCGCGAAGTGAACGATCACaaa < 4:97018/149‑1 (MQ=255) | GAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAGCTCACCGAAAACAGCTTCCGCGATGTGAATATCGCTTTTGCTAATGAATTGTCGCTGATTTGTGCCGATCAGGGGATTAACGTCTGGGAACTGATTCGCCTGGCGAATCGTCACCCTCGCGTTAATATTCTTCAGCCTGGCCCTGGCGTGGGCGGTCACTGCATTGCTGTTGATCCGTGGTTTATCGTGGCACAGAACCCCCAGCAGGCGCGGCTTATCCGTACCGCGCGCGAAGTGAACGATCACAAA > NC_000913/3971848‑3972144 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |