| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,462,028 | G→A | 8.1% | G379D (GGT→GAT) ‡ | paaJ → | 3‑oxoadipyl‑CoA/3‑oxo‑5,6‑dehydrosuberyl‑CoA thiolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,462,028 | 0 | G | A | 8.1% | 388.2 / 17.3 | 124 | G379D (GGT→GAT) ‡ | paaJ | 3‑oxoadipyl‑CoA/3‑oxo‑5,6‑dehydrosuberyl‑CoA thiolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/56); new base A (8/2); total (66/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
GTGTACTACGCGAATTGGGGCTGCCTGATGATGCCCCACATGTTAACCCCAACGGAGGCGCTATCGCCTTAGGCCATCCGTTGGGAATGAGTGGTGCCCGCCTGGCACTGGCTGCCAGCCATGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGATTGAAACCGCGTCTGTTGATGAG > NC_000913/1461887‑1462175 | gtgtACTACGCGAATTGGGGCTGCCTGATGATGCCCAACATGTTAACCCCAACGGAGGCGCTATCGCCTTAGGCTATCCGTTGGGAATGAGTGGTGCCCGCATGGCACTGGCTGCCAGCCATCAGCAGCATCGTCGTAACGGTCGTTat > 4:260813/1‑148 (MQ=255) tacGCGAATTGGGGCTGCCTGATGATGCCCCACAAGTTAACCCCAACGGAGGCGCTATCGCCTTAGGCCATCCGTTGGGAATGCGTGGTGCCCGCCTGGCACTGGCTGCCAGCCATAAGCTGCCGCGGCGTAACGGTCGTTCCGCATtg > 4:368177/1‑149 (MQ=255) gcgTATTGGGGCTGCCTGATGATGCCCCACATGTTAACCCCAACGGAGGCGCTATCGCCTTAGGCCATCCGTTGGGAATGAGTGGTGCCCGCCTGGCACTGGCTGCCAGCCATGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGc > 4:68086/1‑149 (MQ=255) gcgAATTGGGGCTGCCTGATGATGCCCCACATGTTAACCCCAACGGAGGCGCTATCGCCTTAGGCCATCCGTTGGGAATGAGTGGTGCCCGCCTGGCACTGGCTGCCAGCCATGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGc > 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cTGATGATGCCCCACATGTTAACCCCAACGGAGGCGCTATCGCCTTAGGCCATCCGTTGGGAATGAGTGGTGCCCGCCTGGCACTGGCTGCCAGCCATGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGgt > 3:420011/1‑149 (MQ=255) cTGATGATGCCCCACATGTTAACCCCAACGGAGGCGCTATCGCCTTAGGCCATCCGTTGGGAATGAGTGGTGCCCGCCTGGCACTGGCTGCCAGCCATGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGgt < 4:515809/149‑1 (MQ=255) cTGATGATGCCCCACATGTTAACCCCAACGGAGGCGCTATCGCCTTAGGCCATCCGTTGGGAATGAGTGGTGCCCGCCTGGCACTGGCTGCCAGCCATGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGgt < 1:67915/149‑1 (MQ=255) tgatgaTGCCCCACATGTTAACCCCAACGGAGGCGCTATCGCCTTAGGCCATCCGTTGGGAATGAGTGGTGCCCGCCTGGCACTGGCTGCCAGCCATGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGgtg > 1:950074/1‑149 (MQ=255) gatgatGCCCCACATGTTAACCCCAACGGAGGCGCTATCGCCTTAGGCCATCCGTTGGGAATGAGTGGTGCCCGCCTGGCACTGGCTGCCAGCCATGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGgtgt < 3:418950/149‑1 (MQ=255) tgatgCCCCACATGTTAACCCCAACGGAGGCGCTATCGCCTTAGGCCATCCGTTGGGAATGAGTGGTGCCCGCCTGGCACTGGCTGCCAGCCATGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCg < 2:410775/149‑1 (MQ=255) gCCCCACATGTTAACCCCAACGGAGGCGCTATCGCCTTAGGCCATCCGTTGGGAATGAGTGGTGCCCGCCTGGCACTGGCTGCCAGCCATGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCa < 3:89659/149‑1 (MQ=255) gCCCCACATGTTAACCCCAACGGAGGCGCTATCGCCTTAGGCCATCCGTTGGGAATGAGTGGTGCCCGCCTGGCACTGGCTGCCAGCCATGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCa > 2:88089/1‑149 (MQ=255) ccccACATGTTAACCCCAACGGAGGCGCTATCGCCTTAGGCCATCCGTTGGGAATGAGTGGTGCCCGCCTGGCACTGGCTGCCAGCCATGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAg > 2:547323/1‑149 (MQ=255) ccACATGTTAACCCCAACGGAGGCGCTATCGCCTTAGGCCATCCGTTGGGAATGAGTGGTGCCCGCCTGGCACTGGCTGCCAGCCATGAGCTGCATCGGCGTAACGGTc > 4:201600/1‑109 (MQ=255) ccACATGTTAACCCCAACGGAGGCGCTATCGCCTTAGGCCATCCGTTGGGAATGAGTGGTGCCCGCCTGGCACTGGCTGCCAGCCATGAGCTGCATCGGCGTAACGGTc < 3:201600/109‑1 (MQ=255) 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1:480879/149‑1 (MQ=255) ggCTGCCAGCCATGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCt > 2:546851/1‑149 (MQ=255) gccagccaTGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGTAGCGTGTTTGAGTATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGAc < 4:1000112/149‑1 (MQ=255) gccagccaTGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAATGCTTGAc < 1:538890/149‑1 (MQ=255) gccagccaTGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGAc < 1:738964/149‑1 (MQ=255) ccagccaTGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGAcc > 1:1043862/1‑149 (MQ=255) cagccaTGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGa < 2:941265/97‑1 (MQ=255) cagccaTGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGa > 1:941265/1‑97 (MQ=255) gccaTGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGa < 4:59962/149‑1 (MQ=255) ccaTGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATCTCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGAt < 2:317016/149‑1 (MQ=255) ccaTGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGAt < 3:584199/149‑1 (MQ=255) gCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGATTGAAAc < 3:269403/149‑1 (MQ=255) caatgCGTAACGACCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTGCCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGATTGAAACCGCGt > 3:793432/5‑149 (MQ=255) aTCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGATTGAAACCGCGt > 2:161953/1‑149 (MQ=255) tCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGATTGAAACCGCGTc < 2:513279/149‑1 (MQ=255) tCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGATTGAAACCGCGTc < 4:242551/149‑1 (MQ=255) atgCGTAACGACCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCAACGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGATTGAAACCGCGTCt > 3:881594/3‑149 (MQ=255) tgCGTAACGACCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAAc > 2:531393/2‑114 (MQ=255) tgCGTAACGACCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGATTGAAACCGCGTCTg > 4:585903/2‑149 (MQ=255) tgCGTAACGACCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGATTGAAACCGCGTCTg > 1:475370/2‑149 (MQ=255) gCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGATTGAAACCGCGTCTGt < 2:697038/149‑1 (MQ=255) gCGTAACGACCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGATTGAAACCGCGTCTGt > 3:946042/1‑149 (MQ=255) gTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGATTGAAACCGCGTCTGTtg > 3:24772/1‑149 (MQ=255) aaCGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGATTGAAACCGCGTCTGTtgat < 2:950074/149‑1 (MQ=255) cGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGATTGAAACCGCGTCTGTtgatga > 1:1061012/1‑149 (MQ=255) ggTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGATTGAAGCCGCGTCTGTTGATGAg < 4:392949/149‑1 (MQ=255) | GTGTACTACGCGAATTGGGGCTGCCTGATGATGCCCCACATGTTAACCCCAACGGAGGCGCTATCGCCTTAGGCCATCCGTTGGGAATGAGTGGTGCCCGCCTGGCACTGGCTGCCAGCCATGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGATTGAAACCGCGTCTGTTGATGAG > NC_000913/1461887‑1462175 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |