| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,712,338 | A→T | 5.7% | intergenic (+180/‑431) | nth → / → dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,712,338 | 0 | A | T | 5.7% | 412.1 / 12.3 | 122 | intergenic (+180/‑431) | nth/dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (53/62); new base T (5/2); total (58/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TAACCTTTCTTTATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATA > NC_000913/1712190‑1712485 | tAACCTTTCTTTATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCTTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCaa < 1:759011/149‑1 (MQ=255)tAACCTTTCTTTATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTTATCaa > 4:931640/1‑149 (MQ=255)tAACCTTTCTTTATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCaa < 3:157562/149‑1 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TAACCTTTCTTTATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATA > NC_000913/1712190‑1712485 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |