| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,883,027 | C→G | 5.7% | intergenic (+30/‑161) | dmlA → / → yeaV | D‑malate oxidase, NAD‑dependent; putative tartrate dehydrogenase/putative transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,883,027 | 0 | C | G | 5.7% | 373.4 / 11.5 | 106 | intergenic (+30/‑161) | dmlA/yeaV | D‑malate oxidase, NAD‑dependent; putative tartrate dehydrogenase/putative transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (48/52); new base G (4/2); total (52/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.12e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
GGTATTCTGGCAGCAATTGAAGAAGTGATTGCTCACGGGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTATGTAACATGCAAATTTTGTTACGCGTACGTTAGG > NC_000913/1882881‑1883171 | ggTATTCTGGCAGCAATTGAAGAAGTGATTGCTCACGGGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTg > 1:716361/1‑149 (MQ=255) tATTCTGGCAGCAATTGAAGAAGTGATTGCTCACGGGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGAc < 1:111350/149‑1 (MQ=255) gcagcaATTGAAGAAGTGATTGCTCACGGGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGttt > 2:681742/1‑149 (MQ=255) gcaATTGAAGAAGTGATTGCTCACGGGGCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCGCCATGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAAGTATTTTGCGTTAAGTTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCAGTGACGCGGttcaaa 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |