Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,977,227 | 0 | T | A | 7.1% | 419.9 / 17.4 | 126 | intergenic (‑88/+39) | motA/flhC | proton conductor component of flagella motor/flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (58/59); new base A (5/4); total (63/63) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.73e-01 |
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
TCATCAAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATAAGCTGC > NC_000913/1977079‑1977375 | tcatcaAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑Acgt > 4:273671/1‑149 (MQ=255) catcaAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑Acgtc < 4:699289/149‑1 (MQ=255) catcaAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑Acgtc < 4:642569/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |