| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,482,839 | C→G | 5.4% | L167F (TTG→TTC) | emrK ← | multidrug resistance efflux pump membrane fusion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,482,839 | 0 | C | G | 5.4% | 590.9 / 18.2 | 167 | L167F (TTG→TTC) | emrK | multidrug resistance efflux pump membrane fusion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (93/65); new base G (4/5); total (97/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
GTAACCGGACTCTTAATATCCGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTCAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACT > NC_000913/2482693‑2482985 | gTAACCGGACTCTTAATATCCGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTCaa < 2:117250/149‑1 (MQ=255)gTAACCGGACTCTTAATATCCGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTCaa > 4:361027/1‑149 (MQ=255) tAACCGGACTCTTAATATCCGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTCAAt < 3:614856/149‑1 (MQ=255) aCCGGACTCTTAATATCCGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTCAATGc > 4:69061/1‑149 (MQ=255) cGGACTCTTAATATCCGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTCAATGCCg > 4:444910/1‑149 (MQ=255) ggACTCTTAATATCCGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCGTTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTGAATGCCGc < 2:219744/149‑1 (MQ=255) ggACTCTTAATATCCGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTCAATGCCGc < 3:46111/149‑1 (MQ=255) tctTAATATCCGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTCAATGCCGCt > 1:625499/1‑146 (MQ=255) tctTAATATCCGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTCAATGCCGCTTTg > 1:90603/1‑149 (MQ=255) ttAATATCCGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTGAATGCCGCtatcca < 2:495429/149‑6 (MQ=255) tAATATCCATACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTCAATGCCGCTTTGCTa < 3:850161/149‑1 (MQ=255) aaTATCCGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTCAATGCCGCTTTGCTAc > 3:94019/1‑149 (MQ=255) tatCCGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCACTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTCAATGCCGCTTTGCTACtt < 2:38425/149‑1 (MQ=255) ccGTACGTTTAAGCGCCAACCAGGCTTCTTTAGTTGCATCCGCCGCTTCAACGACTTGTGGCTGACGGTTTAATGGTGTGTTCATTACTAAAGCTTTATTCGCTTTATAAGCCTGGATAGCGGCATTCAATGCCGCTTTGCTACttatt < 1:218697/149‑1 (MQ=255) 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taAGCCTGGATAGCGGCATTCAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGc < 1:406819/149‑1 (MQ=255) aaGCCTGGATAGCGGCATTCAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCt < 3:512773/149‑1 (MQ=255) gCCTGGATAGCGGCATTCAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGa > 3:850402/1‑149 (MQ=255) cTGGATAGCGGCATTCAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAg > 4:214398/1‑149 (MQ=255) tGGATAGCGGCATTCAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGc < 2:505453/149‑1 (MQ=255) aaGCGGCATTGAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGtt > 4:245593/2‑103 (MQ=255) aaGCGGCATTGAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGtt < 3:245593/102‑1 (MQ=255) aaGCGGCATTGAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAAtcttc > 2:720630/2‑112 (MQ=255) aaGCGGCATTGAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAAtcttc < 1:720630/111‑1 (MQ=255) cGGCATTCAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGAt < 2:652535/123‑1 (MQ=255) cGGCATTCAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGAt > 1:652535/1‑123 (MQ=255) ggCATTCAATGCCGCTTTGCTACTTATTAACGTATCTTTGGTATGCTCCAGCGTTTCTTTTGAAATAACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCgg > 2:53545/1‑149 (MQ=255) 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NC_000913/2482693‑2482985 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |