Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,753,986 | A→T | 9.7% | intergenic (+40/+22) | bamE → / ← ratB | lipoprotein component of BamABCDE OM biogenesis complex/UPF0125 family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,753,986 | 0 | A | T | 9.7% | 466.2 / 33.1 | 144 | intergenic (+40/+22) | bamE/ratB | lipoprotein component of BamABCDE OM biogenesis complex/UPF0125 family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (71/59); new base T (7/7); total (78/66) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.50e-01 |
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
CCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACGGCTGT > NC_000913/2753838‑2754132 | gCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGa < 3:742701/149‑1 (MQ=255) gCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGa < 2:131475/149‑1 (MQ=255) aaCCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGGCCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGAGCTCAATGAGc > 3:685697/1‑149 (MQ=255) 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gTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGtt > 2:302490/1‑149 (MQ=255) gTTAAAAAAGGGGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTAATCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGTATCTGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCCCTTAGtt > 3:524167/1‑149 (MQ=255) tAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGtttt < 1:988870/149‑1 (MQ=255) gaaaaaaGGTGCTCATTGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGtttt > 3:337167/2‑149 (MQ=255) aaaaaGGTGCTCATTGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCa < 2:469359/112‑1 (MQ=255) aaaaaGGTGCTCATTGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCa > 1:469359/1‑112 (MQ=255) 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CCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACGGCTGT > NC_000913/2753838‑2754132 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |