| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,276,887 | T→C | 6.7% | intergenic (+34/‑115) | garD → / → prlF | D‑galactarate dehydrogenase/antitoxin of the SohA(PrlF)‑YhaV toxin‑antitoxin system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,276,887 | 0 | T | C | 6.7% | 456.9 / 15.7 | 149 | intergenic (+34/‑115) | garD/prlF | D‑galactarate dehydrogenase/antitoxin of the SohA(PrlF)‑YhaV toxin‑antitoxin system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (72/67); new base C (5/5); total (77/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
GTTGTTCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCGCTAATGCTCGCTCTCACGCTGTAC > NC_000913/3276745‑3277032 | gttgttCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑ATTAGTGc > 2:36571/1‑149 (MQ=255) ttgttCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGcc < 2:852854/149‑1 (MQ=255) gttCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGCAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTGTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCAt > 3:928024/1‑149 (MQ=255) gttCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCAt 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gC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCGCTAATGCTCGCTCTCACGCTGTAc > 2:530143/1‑149 (MQ=255) | GTTGTTCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCGCTAATGCTCGCTCTCACGCTGTAC > NC_000913/3276745‑3277032 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |