| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,276,891 | T→G | 6.7% | intergenic (+38/‑111) | garD → / → prlF | D‑galactarate dehydrogenase/antitoxin of the SohA(PrlF)‑YhaV toxin‑antitoxin system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,276,891 | 0 | T | G | 6.7% | 500.9 / 24.2 | 151 | intergenic (+38/‑111) | garD/prlF | D‑galactarate dehydrogenase/antitoxin of the SohA(PrlF)‑YhaV toxin‑antitoxin system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (70/68); new base G (5/5); total (77/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
GTTGTTCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCGCTAATGCTCGCTCTCACGCTGTACTGAC > NC_000913/3276745‑3277036 | gttgttCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑ATTAGTGc > 2:36571/1‑149 (MQ=255) ttgttCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGcc < 2:852854/149‑1 (MQ=255) gttCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGC‑CTTAGTGCCAt < 1:586003/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |