| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,306,540 | T→C | 6.6% | S20G (AGC→GGC) | yjcS ← | metallo‑beta‑lactamase superfamily protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,306,540 | 0 | T | C | 6.6% | 382.9 / 11.4 | 121 | S20G (AGC→GGC) | yjcS | metallo‑beta‑lactamase superfamily protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/57); new base C (4/4); total (60/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
GATAAATCCACGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGACGATCGCTAAACGGTAATGATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAATTGGGAAATT > NC_000913/4306397‑4306685 | gATAAATCCACGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGACGATCGCTAAACGGTAATGATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTggcgg > 1:229793/1‑149 (MQ=255)gATAAATCCACGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGACGATCGCTAAACGGTAATGATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTggcgg > 4:537007/1‑149 (MQ=255) tAAATCCACGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGACGATCGCTAAACGGTAATGATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCa > 1:783375/1‑149 (MQ=255) aaTCCACGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGACGATCGCTAAACGGTAATGATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGt > 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ctctTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCa > 1:139998/1‑149 (MQ=255) tttCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCAttt > 3:875543/1‑149 (MQ=255) tttCGCGCTAGCGGTATTTTCCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATATCAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATATCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCAttt > 4:661983/1‑149 (MQ=255) cgcgTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTaaa < 2:392193/149‑1 (MQ=255) gcgTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAg > 3:200476/1‑149 (MQ=255) ttAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTg > 4:1035269/1‑149 (MQ=255) cGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTaaa < 1:471064/141‑1 (MQ=255) cGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTaaa > 2:471064/1‑141 (MQ=255) gTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCcatttatcatttat < 3:350172/100‑1 (MQ=255) gTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCcatttatcatttat > 4:350172/1‑100 (MQ=255) gTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTa < 3:1031375/149‑1 (MQ=255) gTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTa > 3:662457/1‑149 (MQ=255) tttACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCa > 3:182667/1‑149 (MQ=255) tACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATa > 1:33522/1‑149 (MQ=255) gttaactGCCGCCAGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAAt > 4:346799/7‑149 (MQ=255) catcatGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAAtt > 2:181133/1‑149 (MQ=255) atcatGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAATTg > 4:473275/1‑149 (MQ=255) tcatGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAACCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAATTgg < 2:650770/149‑1 (MQ=255) cGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAATTGGGAAAtt > 3:299907/1‑149 (MQ=255) cGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAATTGGGAAAtt > 3:835788/1‑149 (MQ=255) gCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATa > 3:266418/1‑111 (MQ=255) gCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATa < 4:266418/111‑1 (MQ=255) | GATAAATCCACGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGACGATCGCTAAACGGTAATGATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAATTGGGAAATT > NC_000913/4306397‑4306685 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |