| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 258675 | NA (NA) | 5 (0.070) | 4/432 | NT | 5.1% | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 1293022 | 90 (1.240) | intergenic (‑100/‑505) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase | |||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GTTTACGAGTGCGCTCTTCAACTTCAGCAGCAGCCGCGCTTTCTTCTTCGCGACGTTCGTTAACAACAACTTCTAATTTTTCCAGCATTTCTTCCAGCGTTTCAAGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGAATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCC > NC_000913/1292751‑1293286 | gTTTACGAGTGCGCTCTTCAACTTTAGCAGCAGCCGTGCTTTCTTCTTCGCGACGTTCGTTAACAACAATTTCTAATTTTTCCAGCATTTCTTCCAGCGTTTCAAGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGACGTTGTTCAGAATATTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTATGTTGAGGTAATAATAGAGCTTTAAATTCAGTTGTGCAATATCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGtt > 2:490240/1‑274 (MQ=255) aCGAGTGCGCTCTTCGACTTCAGCAGCAGCCGCGCTTTCTTCTTCGCGACGTTCGTTAACAACAACTTCTAAGTTTTCCAGCATTTCTTCCAGCGTTTCAAGTGTACATTCTCTTGCATGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTGCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAAACTCAAACTTATATGGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTAtttt < 1:10070/279‑1 (MQ=255) cgcTCTTCAACTTCAGCAGCAGCCGCGCTTTCTTCTTCGCGACGTTCGTTAACAACAACTTCTAATTTTTCCAGCATTTCTTCCAGCGTTTCAAGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTACGTGCTTCGCCCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTTTGCAATAGCCAGGACTGGAAGGAATTCAAAATTGTTATTTATTTtgtg > 4:278977/1‑275 (MQ=255) ctctTCAACTTCAGCAGCAGCCGCGCTTTCTTCTTCGCGACGTTCGTTAACAACAACTTCTAATTTTTCCAGCATTTCTTCCAGCGTTTCAAGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGNATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTNAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATTTANNGAATTAAAAATTGTTTTTTATTTTTTgcctt > 3:83799/1‑275 (MQ=255) ctctTCAACTTCAGCAGCAGCCGCGCTTTCTTCTTCGCGACGTTCGTTAACAACAACTTCTAATTTTTCCAGCATTTCTTCCAGCGTTTCAAGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCt < 1:83799/263‑1 (MQ=255) gcagcagcCGCGCTTTCTTCTTCGCGACGTTCGTTAACAACCACTTCTAATTTTTCCAGCATTTCTTCCAGCGTTTCAACTGTACATTCTCTTGCCTGCGCCCGTAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGGAGTAATCTCAAACTTACATTGGGGTGGTTGGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATCGTCAGTGATGTAAGGAATTAAGAATTTTTCTTTATTTTTTTCCGCCAATACATTTc > 4:26624/1‑275 (MQ=255) gcagcagcCGCGCTTTCTTCTTCGCGACGTTCGTTAACAACAACTTCTAATTTTTCCAGCATTTCTTCGAGCGTTTCAAGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGTGTACGGATGTTGTTCAGACTTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGGGGTTATCATAGAGCCTTAAATTCATTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTAAACATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATc > 2:488361/1‑275 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |