| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,696,097 | T→C | intergenic (‑26/+365) | uidA ← / ← uidR | beta‑D‑glucuronidase/transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,696,097 | 0 | T | C | 95.5% | 309.7 / NA | 88 | intergenic (‑26/+365) | uidA/uidR | beta‑D‑glucuronidase/transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (38/46); minor base A (4/0); total (42/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGCCTGCCCAACCTTTCGGTATAAAGACTTCGCGCTGATACCAGACGTTGCCCGCATAATTACGAATATCTGCATCGGCGAACTGATCGTTAAAACTGCCTGGCACAGCAATTGCCCGGCTTTCTTGTAACGCGCTTTCCCACCAACGCTGATCAATTCCACAGTTTTCGCGATCCAGACTGAATGCCCACAGGCCGTCGAGTTTTTTGATTTCACGGGTTGGGGTTTCTACAGGACGTAACATAAGGGACTCCTCATTAAGATAATAATACTGGTCAACCTTTAATCTGATTAGTTAACCAATTCTGTGTTGCACACAGTTATCTGTGAGAAACCCATGGAAGAGAAATGGAAATAAAAAGAACTGACACCGCGATCAAAAAACCAAAAACTGCAATACCCACAGCGTGATATAGATCGCATTAATCTTTAAAACAGCGTTGACAGAAGCCATAAAATAAGCAACCGAACGTTCGTTCGAGCGTATTGGGAACGATAAACTCTCATGACATATGGCTACAGTGAATATTTTGGGGGGAATTCT > NC_000913/1695827‑1696371 | tGGGCTGCCCAAACTTTCAGTAGAAAGCATTCGACCTGCTAACAGTCGTTGCCCGCAACATACCTAATATCTGCTCCGGCGAACTGATCGTTAAAACTGCCCGGCTCAGCACTTGCCCGGCTGTCTTGTACCGCGCTTTCCCACCTACGCTGCTAGATTCCACAGTTTTCGCGATCCAGAGTGAATTTCCACAGGCCGTCGAGTTTTTTGATTTCACGGGTTGGGGTTTCTACAGGACGTAACATAAGGGACTCCTCATTAAGATAATAACACTGGTc < 4:368026/278‑1 (MQ=255)tGGCCTGCCCAACCTTTCGGTATAAAGACTTCGCGCTGATACCAGACGTTGCCCGCATAATTACGAATATCTGCATCGGCGAACTGATCGTTAAAACTGCCTGGCACAGCAATTGCCCGGCTTTCTTGTAACGCGCTTTCCCACCAACGCTGATCAATTCCACAGTTTTCGCGATCCAGACTGAATGCCCACAGGCCGTCGAGTTTTTTGATTTCACGGGTTGGGGTTTCTACAGGACGTAACATAAGGGACTCCTCATTAAGATAATAacac > 1:397190/1‑273 (MQ=255)tGGCCTGCCCAACCTTTCGGTATAAAGACTTCGCGCTGATACCAGACGTTGCCCGCATAATTACGAATATCTGCATCGGCGAACTGATCGTTAAAACTGCCTGGCACAGCAATTGCCCGGCTTTCTTGTAACGCGCTTTCCCACCAACGCTGATCAATTCCACAGTTTTCGCGATCCAGACTGAATGCCCACAGGCCGTCGAGTTTTTTGATTTCACGGGTTGGGGTTTCTACAGGACGTAACATAAGGGACTCCTCATTAAGATAATAACACTg > 3:548503/1‑275 (MQ=255) gCCTGCCCAACCCTTCGGTATAAAGACTTCGCGCTGATACCAGACGTTGCCCGCATAATTACGAATATATGCATCGGCGAACTGAACGTTAAAACTGCCTGGCACAGCAATTGCCCGGCCTTCTTGTAACGCGCTTTCCCACCAACTCTGATCAATTCCACAGTTTTCGCGATCCAGACTGAATGCCCACAGGCCGTCGCGTTCTTGGATTTCATGGGTTGGGGTTTACACAGGCAGTAATCACAGGTATGCCTCAATAAGTTAAGAAAACTgtc > 3:479354/1‑273 (MQ=255) gCCTGCCCAACCAGTGCGGAGAAAGACTTGCCCACGATACCAGACGGGGGCCGCATAATTAACAATAACTGCATCGGCGAACTGAGCGTTAAACCTGCCTGGCACAGCCATTGCCCGGCTTTCTTGTACCGCGCTTTCCCACCACCGCTGATCAATTCCACAGTTTTCGCGATCCAGACTGAATTNCCACAGGCCGTCGAGTTTTTTGATTTCACGGGTTGGGGTTTCTACAGGACGTAACATAAGGGACTCCTCATTAAGATAATAACACTGGTc < 4:346667/276‑1 (MQ=255) ccTGCCCAACCTTTCGGTATAAAGACTTCGCGCTGATACCAGACGTTGCCCGCATAATTACGAATATCTGCATCGGCGAACTGATCGTTAAAACTGCCTGGCACAGCAATTGCCCGGCTTTCTTGTAACGCGCTTTCCCACCAACGCTGATCAATTCCACAGTTTTCGCGATCCAGACTGAATGCCCACAGGCCGTCGAGTTTTTTGATTTCACGGGTTGGGGTTTCTACAGGACGTAACATAAGGGACTCCTCATTAAGATAATAACACTGGTc < 3:598878/275‑1 (MQ=255) tgccacaCCTTTCGGTAAAAAGAATGCGCGCGGATACAGAACGGTGCCCGCCTAATTACGAATACTTGCAGCGGCGAACTGATCTTTAAAACTGCCTGGCACAGCAATTGCCCGGCTTTCTTGTAACGCGCTTACCCACCACAGCTGATCAATTCCACAGTTTTGGCCATCCAGACTGAAAGCCCACAGGCCGTGGAGCTTTTTGTTTTCACGGGTTGGGGTTTCTACAGGACGTAACATAAGGGACTCCTCATTAAGATAATAACACTAGTc < 3:198864/267‑1 (MQ=255) 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tCGCGCTGATACCAGACGTTGCCCGCATAATTACGAATATCTGCATCGGCGAACTGATCGGTAAAACTGCCTGGCACAGAAATTGCCCGGCTTTCTTGTAACGCGCTTTCCCACCAACGCTGATCAATTCCACAGTTTTCGCGATCCAGACTGAATGACAACAGGCCGTCGAGTTTTTTGATTTCACGGGTTGGGAATTATAAAGGACGAAAACTAAGGGACTCCTCTATAAGAAACAAACACAGGTAAAACTGACATTTGATTGTATAACCAATTCt > 4:550437/1‑278 (MQ=255) gcgcTGATACCAGACGTTGCCCGCATAATTACGAATATCTGCATCGGCGAACTGATCGTTAAAACTGCCTGGCACAGCAATTGCCCGGCTTTCTTGTAACGCGCTTTCCCACCAACGCTGATCAATTCCACAGTTTTCGCGATCCAGACTGAATGCCCACAGGCCGTCGAGTTTTTTGATTTCACGGGTTGGGGTTTCTACAGGACGTAACATATGGGACTCCGCATTAAGATAATAAAACGGTGAAACCTTGAATTTGCTTAGTTACCAAAttagtt > 2:24171/1‑274 (MQ=255) cTGAAACCGGACGTTGCCCGCATAATTACGAATATCTTCATCGGCGAACTGATCGTTAAAACTGCCTGGCACAGCAATTGCCCGGCTTTCTTGTAACGCGCTTTCCCACCAACGCTG‑TCAATTCCACAGTTTTCGCGATCCAGACTGAATGCCCACAGGCCGTCGAGTTTTTTGATTTCACGGGTTGGGGTTTCTACAGGACGTAACATAAGGGACTCCTCATTAAGATAATAACACTGGTCAACCTTTAATCTGATTAGTTAACCAATTCtgtg < 1:632909/275‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |