| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 4374528 = | NA (NA) | noncoding (31/99 nt) | RIP329 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP329 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | |||||
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GTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGATCCAGCGGCGTTTTGCTGGGTTCGCC > NC_000913/4374380‑4374676 | ctacgccagcagtaactgattaaacaggtaagttaaacattaaaattacgtgattcgctacgcttatcaggcctaaatcgtgcattgaaattgaatggatttgcaatgaactgtagGCCGGATGTAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTa > 3:1254081‑M1/117‑149 (MQ=255) aGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTAc > 2:203848/1‑149 (MQ=255) taAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCAt > 4:973976/1‑149 (MQ=255) taAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCAt > 3:240673/1‑149 (MQ=255) taAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCAt < 3:505941/149‑1 (MQ=255) taAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCAt < 1:244731/149‑1 (MQ=255) aaaaaGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCAtt < 3:1293374/149‑1 (MQ=255) aaaGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGc > 1:1213458/1‑149 (MQ=255) aaaGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGc > 3:867276/1‑149 (MQ=255) aaGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCa > 2:1307618/1‑149 (MQ=255) acaacaGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATcc < 1:1241686/149‑1 (MQ=255) attaaacagggaagttaaacattaaaattgcctgattcgctacgcttatcaggcctacatcgtgcattgaaattgaatggatttgcaatgaactgtagGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACa > 2:460282‑M1/99‑133 (MQ=255) attaaacagggaagttaaacattaaaattgcctgattcgctacgcttatcaggcctacatcgtgcattgaaattgaatggatttgcaatgaactgtagGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACa < 1:460282‑M1/35‑1 (MQ=255) aacaGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAt > 4:147047/1‑149 (MQ=255) aacaGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAt > 1:531074/1‑149 (MQ=255) caGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAttc < 4:647152/149‑1 (MQ=255) caGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAttc < 3:841167/149‑1 (MQ=255) caGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCAttc < 3:735270/149‑1 (MQ=255) 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ttGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGt < 4:1273963/149‑1 (MQ=255) ttGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGt > 1:681828/1‑149 (MQ=255) tttGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTActg < 1:320554/149‑1 (MQ=255) ctctTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTAct > 2:617874/1‑141 (MQ=255) ctctTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTAct < 1:617874/141‑1 (MQ=255) tctTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTa > 4:1250011/1‑149 (MQ=255) tctTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTa > 2:1158929/1‑149 (MQ=255) ctTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAg > 3:997473/1‑149 (MQ=255) aggccggataaggcgtttacgctgcatccggcCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTaa > 4:1425847‑M2/33‑109 (MQ=255) tGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCt < 4:439548/149‑1 (MQ=255) tGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGga > 1:1371063‑M1/2‑149 (MQ=255) CGGATGCAGCGTAAACGCCTTATACGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAGCTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGga > 4:1030892‑M1/1‑149 (MQ=255) ATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGAt > 3:324474‑M1/1‑149 (MQ=255) aGCGTAAACGCCGTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGTATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTaa > 4:930912/1‑118 (MQ=255) gCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGATCCAgc < 2:743548/149‑1 (MQ=255) cGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGATCCAgcg < 2:371143/149‑1 (MQ=255) aaaCGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAGTGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGt > 4:342939/1‑118 (MQ=255) cGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGATCCAGCGGCGttt > 1:470383/1‑149 (MQ=255) ttATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTActgctg > 1:879733/1‑119 (MQ=255) ttATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTActgctg < 2:879733/119‑1 (MQ=255) ttATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGATCCAGCGGCGTTTTGCt < 3:147047/149‑1 (MQ=255) ttATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGATCCAGCGGCGTTTTGCt > 3:408916/1‑149 (MQ=255) atccggcCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTGCTGCTGGCGTAGCTGGAGATCCAGCGGCGTTTTGCTgg > 4:114744‑M2/8‑149 (MQ=255) cggcCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGATCCAGCGGCGTTTTGCTGGGtt < 2:1506161‑M2/145‑1 (MQ=255) ggcCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGATCCAGCGGCGTTTTGCTGGGTTc < 3:637202‑M2/146‑1 (MQ=255) cTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGATCCAGCGGCGTTTTGCTGGGTTcgcc < 1:1290079/149‑1 (MQ=255) | GTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGATCCAGCGGCGTTTTGCTGGGTTCGCC > NC_000913/4374380‑4374676 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |