| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,333,815 | T→A | 28.2% | pseudogene (588/4605 nt) | yfaS ← | pseudogene, bacterial alpha2‑macroglobulin YfaS variant family; putative membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,333,815 | 0 | T | A | 28.2% | 285.7 / 133.9 | 159 | pseudogene (588/4605 nt) | yfaS | pseudogene, bacterial alpha2‑macroglobulin YfaS variant family; putative membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/58); new base A (20/25); total (76/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
CACCAACCATCGCCTCGACGAGGTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACATTCTGCCGTGACTGAGAAGAGAAA > NC_000913/2333667‑2333962 | caccaACCATCGCCTCGACGAGGTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGt < 3:1201310/149‑1 (MQ=255)caccaACCATCGCCTCGACGAGGTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGt < 2:106587/149‑1 (MQ=255) ccaTCGCCTCGACGAGGTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATaa < 3:169058/149‑1 (MQ=255) caTCGCCTCGACGAGGTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAAc > 2:1455433/1‑149 (MQ=255) caTCGCCTCGACGAGGTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAAc < 3:757144/149‑1 (MQ=255) gCCTCGACGAGGTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGaa < 3:684551/149‑1 (MQ=255) gCCTCGACGAGGTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGaa > 1:590232/1‑149 (MQ=255) cgacgaGGTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGt < 4:351856/149‑1 (MQ=255) acgaGGTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGttt < 1:1347400/149‑1 (MQ=255) acgaGGTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGttt < 2:676391/149‑1 (MQ=255) ggTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCAcc < 1:725004/149‑1 (MQ=255) gTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCa < 3:102294/149‑1 (MQ=255) tACAGTCCCGGCTTTTGTTGGCCGAGAGTAATATAAATGTTACCCGGCTGAAGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAg < 2:1061118/149‑1 (MQ=255) 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gCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATAtttt > 1:618463/1‑149 (MQ=255) tctTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATAtttttt > 4:388238/1‑149 (MQ=255) tctTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATAtttttt < 1:281027/149‑1 (MQ=255) ttgttgGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCa < 3:401909/149‑1 (MQ=255) ttgttgGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCa < 3:813087/149‑1 (MQ=255) 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2:1002116/1‑149 (MQ=255) aaCGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACATTCTg > 4:262982/1‑149 (MQ=255) ggTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACATTCTGCCg < 1:781090/149‑1 (MQ=255) gTTTAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACAGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATCGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACATTCTGCCGt < 3:979870/149‑1 (MQ=255) tttAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACATTCTGCCGTg > 4:665461/1‑149 (MQ=255) tAGCCTGCCATAGAGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACATTCTGCCGTGAc < 1:682449/149‑1 (MQ=255) 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gTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGTAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACATTCTGCCGTGACTGAGAAGAGaaa < 4:975202/149‑1 (MQ=255) gTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATgg < 1:469237/87‑1 (MQ=255) gTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATgg > 2:469237/1‑87 (MQ=255) | CACCAACCATCGCCTCGACGAGGTACAGTCCCGGCTCTTGTTGGCCGAGAGGAATATAAATGTTACCCGGCTGCGGCGAGATGAAATTGCTGGATGCGCCTTCCAGTTTTACCCCTTGCTGCGGCTCGAACGGTTTAGCCTGCCATAGTGGATAACGGAACTGTTTCACCAGGGGATATTTTTTCAGCGGGGAAAACTGGTTGTTCTGTACATAACGGGAAGGTTTAATAATGGCATTGCCGAGCTGTAATTCGGGTAACGCCTGAGTCACATTCTGCCGTGACTGAGAAGAGAAA > NC_000913/2333667‑2333962 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |