| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 393,962 | C→A | 41.3% | pseudogene (993/1449 nt) | yaiT → | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 393,962 | 0 | C | A | 41.3% | 228.9 / 269.9 | 208 | pseudogene (993/1449 nt) | yaiT | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein |
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Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
TCAGGTGGATCAAGACAGCCAGACTGCCTACATCTACTCTTCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGAC > NC_000913/393815‑394109 | aGGTGGATCAAGACAGCCAGACTGCCTACATCTACTCTTCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGAAcc > 1:484442/1‑149 (MQ=255) ggTGGATCAAGACAGCCAGACTGCCTACATCTACTCTTCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCa > 4:362906/1‑149 (MQ=255) gTGGATCAAGACAGCCAGACTGCCTACATCTACTCTTCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCaa > 4:1437240/1‑149 (MQ=255) 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aaGACAGCCAGACTGCCTACATCTACTCTTCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGAc < 1:674468/149‑1 (MQ=255) aaGACAGCCAGACTGCCTACATCTACTCTTCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGAc > 1:341252/1‑149 (MQ=255) aGACAGCCAGACTGCCTACATCTACTCTTCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACg > 1:165260/1‑149 (MQ=255) aCAGCCAGACTGCCTACATCTACTCTTCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCt > 4:485406/1‑149 (MQ=255) aCAGCCAGACTGCCTACATCTACTCTTCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCt > 2:1199202/1‑149 (MQ=255) 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cGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGa < 1:1426419/149‑1 (MQ=255) gTACTTACGTTGACGGTAGAACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCCGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGc < 4:1405481/149‑1 (MQ=255) cTTACGTTGACGGTAGAACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAAc < 4:43576/149‑1 (MQ=255) ttACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCg < 4:1321508/53‑1 (MQ=255) ttACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTAc > 2:941069/1‑58 (MQ=255) ttACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGtgat < 3:775285/130‑1 (MQ=255) ttACGTTGACGGTAGAACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGt > 3:428166/1‑43 (MQ=255) aCGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGAc > 4:1309582/1‑149 (MQ=255) gACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGaa < 3:101414/149‑1 (MQ=255) cGGTAGAACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGAGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGAAGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAg < 2:1079781/149‑1 (MQ=255) gTAGAACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGtt > 2:456498/1‑149 (MQ=255) aGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGa < 4:412155/149‑1 (MQ=255) gCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGAc < 2:1392530/149‑1 (MQ=255) | TCAGGTGGATCAAGACAGCCAGACTGCCTACATCTACTCTTCTGCTCACTTCGCGAACAACGTCTTTGTTGATGGTAGCTTGAGCTACTCTCACTTCAACAACGACCTGTCTGCAACCATGAGCAACGGTACTTACGTTGACGGTAGCACCAACTCCGACGCTTGGGGCTTCGGTTTGAAAGCCGGTTACGACTTCAAACTGGGTGATGCTGGTTACGTGACTCCTTACGGCAGCGTTTCTGGTCTGTTCCAGTCTGGTGATGACTACCAGCTGAGCAACGACATGAAAGTTGAC > NC_000913/393815‑394109 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |