| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,070,707 | C→T | 63.4% | G180S (GGT→AGT) | fbaA ← | fructose‑bisphosphate aldolase, class II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,070,707 | 0 | C | T | 63.4% | 134.1 / 148.8 | 142 | G180S (GGT→AGT) | fbaA | fructose‑bisphosphate aldolase, class II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/31); new base T (40/50); total (61/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.48e-01 | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
CCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATTTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCATGTGGCTGTTGTCCACGCCGTCTTCTTCACCACCGGTGCAACCCAGTTCGATTTCCAGAGTCATGCCGATTTTGGACATGCGCTCCAGGTATTTAGAGCAGATTTCGATGTTCTCTTGCAGAGATTCTTCAGACAGGTCGATCATGTGAGAAGAGAACAGCGGCTTACCGGTAGCTGCG > NC_000913/3070562‑3070852 | ccGTGTACGTTACCGAAGGACGTTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATTTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCATGTGGCTGTTGTCCACGCCGTCTTCTTCACCACTGGt < 3:820464/149‑1 (MQ=255)ccGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATTTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCATGTGGCTGTTGTCCACGCCGTCTTCTTCACCACTGGt < 1:1109574/149‑1 (MQ=255) gTTACCGAAGGGCGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATTTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCATGTGGATGTTGTCCACGCCGTCTTCTTCACCACTGGTGCAACCCa > 3:976116/1‑149 (MQ=255) ttACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATTTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCATGTGGCTGTTGTCCACGCCGTCTTCTTCACCACTGGTGCAACCCAg 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ttgtCCACGCCGTCTTCTTCACCACTGGTGCAACCCAGTTCGATTTCCAGAATCATGCCGATTTTGGACATGCGCTCCAGGTATTTAGAGCAGATTTCGATGTTCTCTTGCAGAGATTCTTCAGACAGGTCGATCATGTgagaagagaa > 2:1294133/1‑149 (MQ=255) gtCCACGCCGTCTTCTTCACCACTGGTGAAACCCAGTTCGATTTCCAGAGTCATGCCGATGTTGGACATGCGCTCCAGGTATTTAGAGCAGATTTCGATGTTCCCTTGCAGAGATTCTTCAGACAGGTCGATCATGTGAGAAGAGAACa < 4:167523/149‑1 (MQ=255) gtCCACGCCGTCTTCTTCACCACCGGTGCAACCCAGTTCGATTTCCAGAGTCATGCCGATTTTGGACATGCGCTCCAGGTATTTAGAGCAGATTTCGATGTTCTCTTGCAGAGATTCTTCAGACAGGTCGATCATGTGAGAAGAGAACa < 3:95657/149‑1 (MQ=255) tCCACGCCGTCTTCTTCACCACTGGTGCAACCCAGTTCGATTTCCAGAGTCATGCCGATTTTGGACATGCGCTCCAGGTATTTAGAGCAGATTTCGATGTTCTCTTGCAGAGATTCTTCAGACAGGTCGATCATGTgagaagag > 1:57352/1‑144 (MQ=255) tCCACGCCGTCTTCTTCACCACTGGTGCAACCCAGTTCGATTTCCAGAGTCATGCCGATTTTGGACATGCGCTCCAGGTATTTAGAGCAGATTTCGATGTTCTCTTGCAGAGATTCTTCAGACAGGTCGATCATGTgagaagag < 2:57352/144‑1 (MQ=255) 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CCGTGTACGTTACCGAAGGACGCTGCGATGGTGAAACGCGGGCTGATTTTGCTCAGTTCGGTGTATGCGTAATCAACGTCTTCCGGCTGGGTGTACAGTGCAGAAGCGTCCATGTGGCTGTTGTCCACGCCGTCTTCTTCACCACCGGTGCAACCCAGTTCGATTTCCAGAGTCATGCCGATTTTGGACATGCGCTCCAGGTATTTAGAGCAGATTTCGATGTTCTCTTGCAGAGATTCTTCAGACAGGTCGATCATGTGAGAAGAGAACAGCGGCTTACCGGTAGCTGCG > NC_000913/3070562‑3070852 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |