Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,774,207 | C→T | 6.0% | intergenic (+13/‑217) | mtlA → / → mtlD | mannitol‑specific PTS enzyme: IIA, IIB and IIC components/mannitol‑1‑phosphate dehydrogenase, NAD‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,774,207 | 0 | C | T | 6.0% | 2849.9 / 104.5 | 862 | intergenic (+13/‑217) | mtlA/mtlD | mannitol‑specific PTS enzyme: IIA, IIB and IIC components/mannitol‑1‑phosphate dehydrogenase, NAD‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (465/345); new base T (31/21); total (496/366) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.65e-01 |
Only 100 of 887 total aligned reads displayed.
GCTGCCCGTAACAACGAGCACATTCAGGTTATCACCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAG > NC_000913/3774060‑3774355 | gctgcCCGTAACAACGAGCACATTCAGGTTATCACCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCct > 4:1296395/1‑149 (MQ=255) gctgcCCGTAACAACGAGCACATTCAGGTTATCACCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCct > 3:381763/1‑149 (MQ=255) ctgcCCGTAACAACGAGCACATTCAGGTTATCACCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCctc > 1:1493910/1‑149 (MQ=255) 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1:769111/1‑149 (MQ=255) taaTCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGcc > 4:1428893/1‑149 (MQ=255) atccaatccCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGcccc > 2:238813/1‑149 (MQ=255) tccaatccCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCct > 3:507171/1‑149 (MQ=255) tccaatccCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCct < 3:16695/149‑1 (MQ=255) tccaatccCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCct > 4:258145/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |