| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,548,914 | G→C | 5.8% | G36A (GGT→GCT) | fimH → | minor component of type 1 fimbriae |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,548,914 | 0 | G | C | 5.8% | 601.0 / 21.8 | 173 | G36A (GGT→GCT) | fimH | minor component of type 1 fimbriae |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (89/74); new base C (4/6); total (93/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
GCATCACCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCT > NC_000913/4548766‑4549059 | gCATCACCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCgg > 4:405459/1‑149 (MQ=255) aTCACCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTg > 1:1012429/1‑149 (MQ=255) tCACCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTgg > 3:1034957/1‑149 (MQ=255) tCACCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTgg > 3:680243/1‑149 (MQ=255) tCACCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGATTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTgg > 2:464718/1‑149 (MQ=255) cTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAgc > 1:245027/1‑149 (MQ=255) ccTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGTTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCaa > 4:1256114/1‑149 (MQ=255) cTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTgg < 4:381489/139‑1 (MQ=255) cTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTgg > 3:381489/1‑139 (MQ=255) cTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAAt > 3:158525/1‑149 (MQ=255) cTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAAt > 2:1373018/1‑149 (MQ=255) cTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAAt > 3:1312759/1‑149 (MQ=255) cTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAAt > 4:733384/1‑149 (MQ=255) 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1:458541/1‑149 (MQ=255) aaTGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCt < 4:68096/109‑1 (MQ=255) aaTGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGt < 4:166998/149‑1 (MQ=255) aaTGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGt < 2:1434706/149‑1 (MQ=255) tGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTca < 2:708928/149‑1 (MQ=255) ggTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATc < 3:412952/91‑1 (MQ=255) tCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGa < 2:1012429/149‑1 (MQ=255) ccTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCttt < 2:229674/82‑1 (MQ=255) cTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGc > 2:638184/1‑149 (MQ=255) tATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCt > 3:870507/1‑149 (MQ=255) gCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCt > 3:612885/1‑149 (MQ=255) | GCATCACCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCT > NC_000913/4548766‑4549059 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |