| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,548,917 | G→C | 5.4% | G37A (GGC→GCC) | fimH → | minor component of type 1 fimbriae |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,548,917 | 0 | G | C | 5.4% | 582.8 / 20.7 | 167 | G37A (GGC→GCC) | fimH | minor component of type 1 fimbriae |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (85/73); new base C (3/6); total (88/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.12e-02 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
TCACCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCT > NC_000913/4548769‑4549059 | tCACCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTgg > 3:680243/1‑149 (MQ=255)tCACCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTgg > 3:1034957/1‑149 (MQ=255)tCACCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGATTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTgg > 2:464718/1‑149 (MQ=255) cTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAgc > 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cTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGc > 1:999125/1‑149 (MQ=255) tATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCt > 3:870507/1‑149 (MQ=255) tATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCt > 1:1240276/1‑149 (MQ=255) tATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCt > 1:381149/1‑149 (MQ=255) gCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCt > 3:612885/1‑149 (MQ=255) | TCACCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCT > NC_000913/4548769‑4549059 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |