| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,707,225 | T→A | 5.8% | L103I (TTA→ATA) ‡ | rsxC → | SoxR iron‑sulfur cluster reduction factor component; putative membrane‑associated NADH oxidoreductase of electron transport complex |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,707,225 | 0 | T | A | 5.8% | 521.0 / 18.6 | 155 | L103I (TTA→ATA) ‡ | rsxC | SoxR iron‑sulfur cluster reduction factor component; putative membrane‑associated NADH oxidoreductase of electron transport complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (55/90); new base A (2/7); total (58/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
TGAAGGTGAGTTGTGCGTTAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCGGTGCAGGAT > NC_000913/1707077‑1707372 | tGAAGGTGAGTTGTGCGTTAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCtt > 4:698162/1‑149 (MQ=255) aaGGTGAGTTGTGCGTTAGCGTCCGCGCTACAGTATCGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTAGTCCCGGCAATATCCTGCCTGTTCACGCGCCCACGTCGGGTACCGTTACGGCTACTGAGCCTAACTGTACGGCTCCTCCTTCAGCTTTa < 4:193359/149‑1 (MQ=255) aGGTGAGTTGTGCGTTAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACACGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAg < 2:1130061/149‑1 (MQ=255) 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tCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCCATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTgg > 2:977529/1‑149 (MQ=255) cATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTggg < 3:1352916/149‑1 (MQ=255) ttaattCAGCTAAAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGgt < 3:1369006/130‑1 (MQ=255) aTCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGc > 1:896657/1‑149 (MQ=255) tCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCa < 3:384244/126‑1 (MQ=255) ccTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGGGAATATTGATGCCGATGGTGAAGACTGATGGCTCCCGCGCGACGGCTGGCCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCCTAGAGTTAATCGAGCGCATACAGCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCgg < 2:1194340/149‑1 (MQ=255) cTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACa < 2:1072499/121‑1 (MQ=255) cTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACa > 1:1072499/1‑121 (MQ=255) cAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCGGTGCa < 1:746681/149‑1 (MQ=255) cAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCGGTGCa < 1:508391/149‑1 (MQ=255) cAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATAGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCGGTGCa < 3:930632/149‑1 (MQ=255) cTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCGGTGCAGGa < 3:1197846/149‑1 (MQ=255) tttAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCAGGCTGGGCGGTGCAGGAt > 3:202110/1‑149 (MQ=255) | TGAAGGTGAGTTGTGCGTTAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCGGTGCAGGAT > NC_000913/1707077‑1707372 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |