| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,296,381 | +GC | intergenic (+587/+55) | gltP → / ← yjcO | glutamate/aspartate:proton symporter/Sel1 family TPR‑like repeat protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,296,380 | 1 | . | C | 95.7% | 292.9 / 4.1 | 95 | intergenic (+586/+56) | gltP/yjcO | glutamate/aspartate:proton symporter/Sel1 family TPR‑like repeat protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/4); new base C (36/54); total (36/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 4,296,380 | 2 | . | G | 95.8% | 290.7 / 4.1 | 95 | intergenic (+586/+56) | gltP/yjcO | glutamate/aspartate:proton symporter/Sel1 family TPR‑like repeat protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/4); new base G (36/55); total (36/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGAC‑AGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCG‑GATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTT‑‑A‑‑C‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGCCCAGTACTCGGAATAACCGGTTCGGGAAATTGCAGAGCTGCGTTTGAAATACCAGGTTGCCTTGTCATCGT > NC_000913/4296148‑4296644 || gCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCTACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCGACGCCAGAC‑AGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCG‑GATAAGGCGTTTATGCCGCAGCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTT‑‑ACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGt < 2:316419/275‑1 (MQ=255) gctataagcGCCTGATGCTACGCTCAACGGGTCGTATCGGGCCTA‑GTCCGACAACCGCAAGGGCCTGAGTTAGGGTGCTGTGGTGGTGCG‑GTTAAGGCTGTTATGCGGCTTCCGACATCAACGCCTGATGAGACGCTTAACGCGTTTGATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAAGAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTT‑‑ACGC‑‑CGCATCGGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCt < 3:50446/266‑1 (MQ=2) aTGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGAC‑AGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCG‑GATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTT‑‑ACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGCCGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGttca > 1:788447/1‑272 (MQ=2) gcttgccgcgTCTTATCAGGCCTACGCCAGAC‑AGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCG‑GATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTT‑‑ACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTTCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGGTGGTTCATTTTTCa > 2:230886/7‑274 (MQ=255) 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cgcAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCG‑GATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGTCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATCAGGCGTTT‑‑ACGC‑‑CCCATCCGACATACATGCCTGCTGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTCTCTTAACCGTTGGCTAATCTTTTAAATTCTCCCCACCACGTATCAAACCCtccaacaca > 3:615413/1‑267 (MQ=11) cgcAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCG‑GATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACCGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTT‑‑ACGC‑‑CGCATCCGACATCACTGCCTGATGCTCCCCTTTCCGCGTCTTATCCGGCCTATCTTAACCGTTGGTTACTTTTTCCAACTCTTCACCCCCTGTATCACACCTTTctctta > 1:453797/1‑269 (MQ=14) cgcAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCG‑GATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTT‑‑ACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACa > 2:420540/1‑275 (MQ=255) 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gCGTGATTTTGTAGGTCG‑GATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTT‑‑ACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCt < 1:463537/261‑1 (MQ=255) cGTGATTTTGTAGGTCG‑GATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTT‑‑ACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGCTGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTCTCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTTCATACAGCTCCGGTTCAACCattc > 4:454801/1‑272 (MQ=255) agTGATTGCGTAGGTCGTGAT‑AGGCATTTATTCACCATCCGACAGTAAAGCCTAAGGCAACGCGTACCGCTTCTTTTCATGCCTAGGCCAGGCAGCACAGTAGCCGGATTGTGCGTGATTTTGTAGGTCGGATCGTTCCTTTACA‑‑C‑‑CTCAGCCGACATCAAGGCCTGATTCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTTACCGTGGGTTAATTTTTCGAACTCATCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTg < 4:484036/274‑1 (MQ=255) 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GCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGAC‑AGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCG‑GATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTT‑‑A‑‑C‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGCCCAGTACTCGGAATAACCGGTTCGGGAAATTGCAGAGCTGCGTTTGAAATACCAGGTTGCCTTGTCATCGT > NC_000913/4296148‑4296644 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |