New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 2533414 | 128 (0.880) | 4 (0.030) | 4/490 | 11.7 | 3.2% | intergenic (+34/‑350) | cysK/ptsH | cysteine synthase A, O‑acetylserine sulfhydrolase A subunit/phosphohistidinoprotein‑hexose phosphotransferase component of PTS system (Hpr) |
? | NC_000913 | = 2533418 | 121 (0.870) | intergenic (+38/‑346) | cysK/ptsH | cysteine synthase A, O‑acetylserine sulfhydrolase A subunit/phosphohistidinoprotein‑hexose phosphotransferase component of PTS system (Hpr) | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
AAAGTCATTGGCATCACCAATGAAGAAGCGATTTCTACCGCGCGTCGTCTGATGGAAGAAGAAGGTATTCTTGCAGGTATCTCTTCTGGAGCAGCTGTTGCCGCGGCGTTGAAACTACAAGAAGATGAAAGCTTTACCAACAAGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGTTCAATTCTTCCTTTAGCGGCATAATGTTTAATGACGTACGAAACGTCAGCGGTCAACACCCGCCAGCAATGGACTGTATTGCGCTCTTCGTGCGTCGCGTCTGTTAAAAACTGGCGCT > NC_000913/2533144‑2533686 | aaaGTCATTGGCAACACAAATGAAGAAGCTATTTTGACCGGGCGTCGGCTGATGGAAGAAGAAGGTATTCTTGCAGGTATCTCTTCTGGAGCAGCTGTTGCCGCGGCGTTGAAACTACAAGAAGATGAAAGCTTTACCAACAAGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCttttt < 3:160376/275‑1 (MQ=255) ttGGCATCACCAAGGAAGAAATGATTTCTGCCGCGCGTCAGCTGAGGGGAGAAGAAGGTATTCTTGCAGGTATCTCTTCTGGAGCAGCTGTTGCAGCGGCGTTGAAACTACAAGAAGAAGAATGCTTTACCAACGAGAATATTGTGGTTATGCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCt < 2:604888/275‑1 (MQ=255) tgggCATACCCAAGGAAGAAGCGATTTCTACCGCGCGGCGTCTGATGGAAGAAGAAGGTATTCTTGCAGGTATCTCTTCTGGGTCAGCTGTTGCCGCGGCGTTGAAACTACAAGAAGATGAAAGCTTTACCAACAAGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCt < 3:437916/273‑1 (MQ=255) tGGCATCACCAATGAAGAAGCGATTTCTACCGCGCGTCGTCTGATGGAAGAAGAAGGTATTCTTGCAGGTATCTCTTCTGGAGCAGCTGTTGCCGCGGCGTTGAAACTACAAGAAGATGAAAGCTTTACCAACAAGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGCTCTCTTCACTGAGTAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCtt > 1:66767/1‑275 (MQ=255) ggCATCACCAATGAAGAAGCGATTTCTACCGCGCGTCGTCTGATGGAAGAAGAAGGTATTCTTGCAGGTATCTCTTCTGGAGCAGCTGTTGCCGCGGCGTTGAACCTACAAGAAGATGAAAGCTTTACCAACAAGCATATTGTGGTTATTCTAACATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACAGCATTATTTACCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTTCCAAACTAATGCCAGCCTGGTAAAAATTGTTAAAAAATACCATGTTTAGGTGCttt > 4:327999/1‑275 (MQ=255) cacagaagaaGCGATTTCTACCGCGTGTCGTCTGATGGAAGAAGAAGGTAGTCTTGCAGGTATCTCTTCTGGAGCATATGTTGCGGAGGCGTTGAAACTACAAGAAGATGAAAGCTTTACAAACAAGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCttttttacgca < 4:542064/271‑6 (MQ=255) aTGAAGAAGCGATTTCTACCGCGCGTCGTCTGATGGAAGAAGAAGGTATTCTTGCAGGTATCTCTTCTGGAGCAGCTGTTGCCGCGGCGTTGAAACTACAAGAAGATGAAAGCTTTACCAACAAGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGc < 2:692385/273‑1 (MQ=255) agCGATTTCTACCGCGCGTCGTCTGATGGAAGAAGAAGGTATTCTTGCAGGTATCGCTTCTGGAGCAGCTGTTGCCGCGGCGTTGAAACTACAAGAAGATGAAAGCTTTACCAACAAGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCa < 1:767999/274‑1 (MQ=255) aTTTCTACCGCGCGTCGTCTGATGGAAGAAGAAGGTATTCTTGCAGGTATCTCTTCTGGAGCAGCTGTTGCCGCGGCGTTGAAACTACAAGAAGATGAAAGCTTTACCAACAAGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTTTTTGCCGATTTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGATTGCTAAAAATGCGTAAAAAAGCCACTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGATTCTAACtt > 4:149435/1‑275 (MQ=255) ctacccggggtcgtcGTATGGAAGAAGAAGGTATACTGTGAGGTATCACTTCGGGAGCAGCTGTTGCCGCGGCGTTGAAACTACAGGAAGATGGAAGCTTTACCAACAAGAATATTGTGGTTATTCTACCAACATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTATTCACTGAGAAAGAATTGAAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAGAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTATTGTGGCCTGCTACAAACTTTCGc < 3:412651/266‑1 (MQ=255) 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agaagaagGTATTCTTGCAGGTATCGCTTCTGGAGCAGCTGTTGCCGCGGCGTTGAAACTACAAGAAGATGAAAGCTTTACCAACAAGAATATTGTTGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAAAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGc < 3:699805/274‑1 (MQ=255) gaagaagGTATTCTTGCAGGTATCTCTTCTGGAGCAGCTGTTGCCGCGGCGTTGAAACTACAAGAAGATGAAAGCTTTACCAACAAGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCt > 2:323891/1‑275 (MQ=255) aagGTATTCTTGCAGGTATCTCTTCTGGAGCAGCTGTTGCAGCGGCGTTGAAACTACAAGAAGATGAAAGCTTTACCAACAAGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATGGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTAGTTATAAATGCGTAAAAACGCAGCTTTTCAGGTGATTTTTTGTGGCATGCTTCACACTTTCGCCCCTACTGGCATTGATTCAGCTTGttg > 4:248738/1‑273 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |