New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 4083704 = | 79 (1.020) | 3 (0.040) | 3/252 | NT | 4.0% | coding (2119/3051 nt) | fdoG | formate dehydrogenase‑O, large subunit |
? | NC_000913 | 4083730 = | 70 (0.950) | coding (2093/3051 nt) | fdoG | formate dehydrogenase‑O, large subunit | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
TTCCGGCGTCCAGCTACCGGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGTCCGGGTTCGCGCCACCCTGTTCGGCATACATCTTGCGCAAGCGCAGGAAGATACCGGAGAGGATCTCGCCGT > NC_000913/4083582‑4083877 | ttCCGGCGTCCAGCTACCGGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGt < 3:112039/149‑1 (MQ=255) tCCGGCGTCCAGCTACCGGCGAAAATCCAGCAGCTACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGtt < 4:525186/149‑1 (MQ=255) ggCGTCCAGCTACCCGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGct > 3:49354/1‑149 (MQ=255) cttgcgcaagatgtatgccgaacagggtggcgcgaacccggaccaggtgctgaacatgacatggaactacgccattccgcatgagccatcttcagaagaagtggcgatggagagcaaCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGctc > 2:636124‑M1/118‑149 (MQ=255) cAGCTACCGGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCAt > 2:468586/1‑149 (MQ=255) cAGCTACCGGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCAt < 3:189530/149‑1 (MQ=255) aGCTACCGGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATc < 1:641325/149‑1 (MQ=255) tACCGGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGcc < 1:263350/149‑1 (MQ=255) aCCGGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCa > 3:26696/1‑149 (MQ=255) cGGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCAct > 1:89959/1‑149 (MQ=255) cGGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCAct > 4:529688/1‑149 (MQ=255) gCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCActtc > 4:247746/1‑149 (MQ=255) gCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCActtc > 2:26778/1‑149 (MQ=255) gCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCActtc > 1:451340/1‑149 (MQ=255) gAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCActtctt > 4:171839/1‑149 (MQ=255) gAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCActtctt < 1:222305/149‑1 (MQ=255) aaaTCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTtcttct < 1:230494/149‑1 (MQ=255) aaTCCAGGCGCCACCGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTg < 1:176296/149‑1 (MQ=255) aaTCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTg > 1:165678/1‑149 (MQ=255) cagcagCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGa < 1:270187/149‑1 (MQ=255) agcagcCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGAt > 2:152710/1‑149 (MQ=255) gcagcCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATg > 3:145355/1‑149 (MQ=255) ccACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGAAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCATTCTTGACGATAACCGCGCCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGATGATGGCTc > 3:423181/1‑149 (MQ=255) gcgaacccggaccaggtgctgaacatgacatggaactacgccattccgcatgagccatcttcagaagaagtggcgatggagagcaaCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGc > 3:675990‑M1/87‑116 (MQ=255) gcgaacccggaccaggtgctgaacatgacatggaactacgccattccgcatgagccatcttcagaagaagtggcgatggagagcaaCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGc < 4:675990‑M1/30‑1 (MQ=255) acaGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCAt > 2:138056/1‑149 (MQ=255) acaGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCAt < 2:93728/149‑1 (MQ=255) acaGGAGGTTGTACCGTCAACGCGCAATTGGGCGAACGAAATAAGTTGTTGGCCTTTCTGGGCGATAACCGCACCGGTTGCAGGACCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTGCATCACCACTTCTTCTGAAGATGGCTCAt < 4:172822/149‑1 (MQ=255) ggTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGaa < 4:548982/149‑1 (MQ=255) ccGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGTTCATGTGGAATGGCGTa < 1:364287/149‑1 (MQ=255) cGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGAt < 4:483930/128‑1 (MQ=255) cGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGAt < 3:509426/128‑1 (MQ=255) cGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGAt > 4:509426/1‑128 (MQ=255) cGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGAt > 3:483930/1‑128 (MQ=255) cGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAg > 4:615716/1‑149 (MQ=255) cgcgCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCcat < 2:498862/149‑1 (MQ=255) gcAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCcatgtc < 2:451340/149‑1 (MQ=255) aaTTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCcatgtcat < 3:634070/149‑1 (MQ=255) gCGAAGGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACGGCAGCGGTTTCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAg > 2:234340/1‑149 (MQ=255) cgaacgaaCTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCTCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGc < 4:616456/149‑1 (MQ=255) aacgaacTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCCCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCAc < 2:217246/149‑1 (MQ=255) cgaacTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCt < 3:171839/149‑1 (MQ=255) gaacTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTg > 4:52948/1‑149 (MQ=255) acTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGt > 2:279763/1‑149 (MQ=255) tAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGTcc > 2:647653/1‑149 (MQ=255) 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GGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGTCCGGGTTCGCGCCACCCTGTTCGGCATACATCTTGCGCAAGCGCAGGa > 4:513139‑M1/1‑149 (MQ=255) tatCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCcat > 3:552268/1‑77 (MQ=255) tatCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCcat < 4:552268/77‑1 (MQ=255) cGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGTCCGGGTTCGCGCCACCCTGTTCGGCATACATCTTGCGCAAGCGCAGGAAGATACCg < 4:201917/149‑1 (MQ=255) ggCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGTCCGGGTTCGCGCCACCCTGTTCGGCATACATCTTGCGCAAGCGCAGGAAGATACCgg > 2:172257/1‑149 (MQ=255) ggCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGTCCGGGTTCGCGCCACCCTGTTCGGCATACATCTTGCGCAAGCGCAGGAAGATACCgg < 1:329457/149‑1 (MQ=255) 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cTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGTCCGGGTTCGCGCCACCCTGTTCGGCATACATCTTGCGCAAGCGCAGGAAGATACCGGAGAGGAtct > 3:54336/1‑149 (MQ=255) ccgTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGTCCGGGTTCGCGCCACCCTGTTCGGCATACATCTTGCGCAAGCGCAGGAAGATACCGGAGAGGATCTCGcc < 3:581718‑M2/146‑1 (MQ=255) gTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGTCCGGGTTCGCGCCACCCTGTTCGGCATACATCTTGCGCAAGCGCAGGAAGATACCGGAGAGGATCTCGCCGt < 3:449345‑M2/148‑1 (MQ=255) | TTCCGGCGTCCAGCTACCGGCGAAAATCCAGCAGCCACAGGAGGTTGTACCGTCATCGCGCAATTGGGCGAACGAACTAAGTTGTTGGCCTTTCTTGACGATAACCGCACCGGTTGCCGGATCGGTAATATCGGCCAGCGCCTTACCGTTGCTCTCCATCGCCACTTCTTCTGAAGATGGCTCATGCGGAATGGCGTAGTTCCATGTCATGTTCAGCACCTGGTCCGGGTTCGCGCCACCCTGTTCGGCATACATCTTGCGCAAGCGCAGGAAGATACCGGAGAGGATCTCGCCGT > NC_000913/4083582‑4083877 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |