| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,492,061 | T→G | 14.9% | N4T (AAC→ACC) Q23H (CAA→CAC) |
hokB ← mokB ← |
toxic polypeptide, small regulatory peptide |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,492,061 | 0 | T | G | 14.9% | 239.6 / 40.7 | 87 | N4T (AAC→ACC) Q23H (CAA→CAC) | hokB mokB | toxic polypeptide, small regulatory peptide |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/34); new base G (6/7); total (46/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.86e-01 | |||||||||||
TTGCCCTTACCTGGACGTGCAGGCCATGAGCGCAGCAACCTCCTTATCACCGTCCCGGAACCGCAGTTCGTAGAGCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATATCGGTCGGGGCCTTCGTCTTTCTGATTCCCGGTTAGCCTGAAAACAGAAAGT > NC_000913/1491916‑1492206 | ttGCCCTTACCTGGACGTGCAGGCCATGAGCGCAGCAACCTCCTTATCACCGTCCCGGAACCGCAGTTCGTAGAGCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTtgt > 3:664967/1‑149 (MQ=255) cTTACCTGGACGTGCAGGCCATGAGCGCAGCAACCTCCTTATCACCGTCCCGGAACCGCAGTTCGTAGAGCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTc > 2:22929/1‑149 (MQ=255) cTGGACGTGCAGGCCATAAGCGCAGCAACCTCCTTATGACCGTCCCGGAACCGCAGTTCGTAGAGCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGGTGTGCTTCATAGc > 1:633505/1‑149 (MQ=255) ggACGTGCAGGCCATGAGCGCAGCAACCTCCTTATCACCGTCCCGGAACCGCAGTTCGTAGAGCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCt > 3:520771/1‑149 (MQ=255) ggACGTGCAGGCCATGAGCGCAGCAACCTCCTTATCACCGTCCCGGAACCGCAGTTCGTAGAGCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCt > 1:62267/1‑149 (MQ=255) aCGTGCAGGCCATGAGCGCAGCAACCTCCTTATCACCGTCCCGGAACCGCAGTTCGTAGAGCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCttt < 1:142441/149‑1 (MQ=255) gTGCAGGCCATGAGCGCAGCAACCTCCTTATCACCGTCCCGGAACCGCAGTTCGTAGAGCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTtct < 4:598398/149‑1 (MQ=255) aGGCCATGAGCGCAGCAACCTCCTTATCACCGTCCCGGAACCGCAGTTCGTAGAGCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCtt < 3:445228/149‑1 (MQ=255) gCCATGAGCGCAGCAACCTCCTTATCACCGTCCCGGAACCGCAGTTCGTAGAGCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGGTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGc > 2:437876/1‑149 (MQ=255) gCCATGAGCGCAGCAACCTCCTTATCACCGTCCCGGAACCGCAGTTCGTAGAGCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGGTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGc < 1:437876/149‑1 (MQ=255) cATGAGCGCAGCAACCTCCTTATCACCGTCCCGGAACCGCAGTTCGTAGAGCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCg > 3:508018/1‑149 (MQ=255) cgcAGCAACCTCCTTATCACCGTCCCGGAACCGCAGTTCGTAGAGCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGCCACACCACCAGAGGGGTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGc < 2:633505/149‑1 (MQ=255) gcagcaACCTCCTTATCACCGTCCCGGAACCGCAGTTCGTAGAGCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCg > 3:534261/1‑149 (MQ=255) gcagcaACCTCCTTATCACCGTCCCGGAACCGCAGTTCGTAGAGCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCg > 4:6891/1‑149 (MQ=255) gcagcaACCTCCTTATCACCGTCCCGGAACCGCAGTTCGTAGAGCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCg > 4:736957/1‑149 (MQ=255) gcagcaACCTCCTTATCACCGTCCCGGAACCGCAGTTCGTAGAGCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCg < 1:97329/149‑1 (MQ=255) gcagcaACCTCCTTATCACCGTCCCGGAACCGCAGTTCGTAGAGCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCg > 1:222199/1‑149 (MQ=255) agcaACCTCCTTATCACCGTCCCGGAACCGCAGTTCGTAGAGCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCggg < 4:534261/149‑1 (MQ=255) gcaACCTCCTTATCACCGTCCCGGAACCGCAGTTCGTAGAGCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGGTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGt < 4:21137/149‑1 (MQ=255) 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gTTCGTAGAGCCTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCAt > 1:603348/1‑149 (MQ=255) gTAGAGCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGt < 4:520771/149‑1 (MQ=255) tAGAGCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGtt < 1:640141/149‑1 (MQ=255) gagCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATa > 2:253498/1‑85 (MQ=255) gagCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATa < 1:253498/85‑1 (MQ=255) gCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAgg < 2:764564/135‑1 (MQ=255) gCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAgg > 1:764564/1‑135 (MQ=255) gTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGATGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGtt < 1:638493/149‑1 (MQ=255) gTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGtt > 3:364715/1‑149 (MQ=255) gggTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCt < 4:102198/123‑1 (MQ=255) gggTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCt > 3:102198/1‑123 (MQ=255) ggTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATa > 1:749211/1‑149 (MQ=255) aGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGaaa < 2:334008/149‑1 (MQ=255) aGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAatat < 1:556793/149‑1 (MQ=255) aGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAatat < 1:402981/149‑1 (MQ=255) aGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAatat < 3:518146/149‑1 (MQ=255) gtgtGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATAtc < 1:22929/149‑1 (MQ=255) tgtgAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGc > 4:617326/1‑78 (MQ=255) tgtgAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGc < 3:617326/78‑1 (MQ=255) gAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGc > 3:123382/1‑94 (MQ=255) gAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGc < 4:123382/94‑1 (MQ=255) gAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATAtcggtc > 2:254341/1‑149 (MQ=255) tGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGGTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATATCGGTCggg < 2:580714/149‑1 (MQ=255) gTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATATCGGTCgggg > 2:488357/1‑149 (MQ=255) 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aGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTCCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATATCGGTCGGGGCCTTCGTCTTTc > 3:489860/1‑134 (MQ=255) acacCACCAGAGGGGTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCCGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCAGTTGATAGAAATATCGGTCGGGGCCTTCGTCTTTCTGATTCCCGGTTAGCCTGa > 4:764409/1‑149 (MQ=255) accaccAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATATCGGTCGGGGCCTTCGTCTTTCTGa > 2:663838/1‑131 (MQ=255) accaccAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATATCGGTCGGGGCCTTCGTCTTTCTGa < 1:663838/131‑1 (MQ=255) accaccAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATATCGGTCGGGGCCTTCGTCTTTCTGATTCCCGGTTAGCCTGaaa > 3:801479/1‑149 (MQ=255) accaccAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATATCGGTCGGGGCCTTCGTCTTTCTGATTCCCGGTTAGCCTGaaa > 1:86260/1‑149 (MQ=255) accaccAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATATCGGTCGGGGCCTTCGTCTTTCTGATTCCCGGTTAGCCTGaaa > 3:565957/1‑149 (MQ=255) caccaGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATATCGGTCggg > 2:536890/1‑113 (MQ=255) caccaGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATATCGGTCggg < 1:536890/113‑1 (MQ=255) accaGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAg < 3:178752/72‑1 (MQ=255) accaGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAg > 4:178752/1‑72 (MQ=255) accaGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATATCGGTCGGGGCCTTCGTCTTTCTGATTCCCGGTTAGCCTGAAAACa < 2:86260/149‑1 (MQ=255) accaGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATATCGGTCGGGGCCTTCGTCTTTCTGATTCCCGGTTAGCCTGAAAACa > 3:244898/1‑149 (MQ=255) gagGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATATCGGTCGGGGCCTTCGTCTTTCTGATTCCCGGTTAGCCTGAAAACAGaaa < 4:664967/149‑1 (MQ=255) gagGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATATCGGTCGGGGCCTTCGTCTTTCTGATTCCCGGTTAGCCTGAAAACAGaaa > 2:517983/1‑149 (MQ=255) gggTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATATCGGTCGGGGCCTTCGTCTTTCTGATTCCCGGTTAGCCTGAAAACAGAAAGt < 4:662723/149‑1 (MQ=255) | TTGCCCTTACCTGGACGTGCAGGCCATGAGCGCAGCAACCTCCTTATCACCGTCCCGGAACCGCAGTTCGTAGAGCGTTTGTCGGGTCAGGAGTGTGAATGTCAGAATCGTAATGCAGATAATGAGCAGACACACCACCAGAGGGTTGTGCTTCATAGCCTTTCTCCTTGCCGGATGGCGGGTAAGAGGCTAAGATCTGAATTGCTAGGTTCATTCGTTGGCCTCGGTTGATAGAAATATCGGTCGGGGCCTTCGTCTTTCTGATTCCCGGTTAGCCTGAAAACAGAAAGT > NC_000913/1491916‑1492206 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |