| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,589,122 | G→A | 11.0% | G510S (GGC→AGC) | acrD → | aminoglycoside/multidrug efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,589,122 | 0 | G | A | 11.0% | 285.8 / 20.5 | 99 | G510S (GGC→AGC) | acrD | aminoglycoside/multidrug efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/44); new base A (5/6); total (49/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
CGGCACCACCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTG > NC_000913/2588974‑2589268 | cggcACCACCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAg < 3:228778/149‑1 (MQ=255) accaccGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCtt > 3:424060/1‑149 (MQ=255) ccaccGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCttt > 4:408811/1‑149 (MQ=255) ctccGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCtttt > 2:646401/3‑149 (MQ=255) ccGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCtttttt < 1:465175/149‑1 (MQ=255) gTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGcc < 4:281757/149‑1 (MQ=255) gTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAAGCCTTTTTGcc < 4:646146/149‑1 (MQ=255) tGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTTCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCt > 3:280578/1‑149 (MQ=255) tGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAAGCCTTTTTGccc < 4:314405/149‑2 (MQ=255) gCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTg < 2:658859/149‑1 (MQ=255) ccATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTgg < 1:145737/149‑1 (MQ=255) aTCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGtt > 1:190072/1‑149 (MQ=255) aTCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGtt > 2:324612/1‑149 (MQ=255) tCTATCGCTAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGttt > 1:777457/1‑149 (MQ=255) cAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGAt < 2:495270/149‑1 (MQ=255) cAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGAt < 1:804672/149‑1 (MQ=255) ttCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGtt < 3:587124/149‑1 (MQ=255) tctATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAATAAGCCTTTTTGccc < 3:168851/130‑2 (MQ=255) tctATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAAGCCTTTTTGccc > 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aggCAAAAAAGCCTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTgttcctgttcct > 1:613464/2‑149 (MQ=255) aggCAAAAAAGCCTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTgttcctgttcct > 1:33229/2‑149 (MQ=255) gCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGc > 3:191794/1‑149 (MQ=255) gCAAAAAAGCCTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGc < 2:33229/149‑1 (MQ=255) aaGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTg > 3:295342/1‑149 (MQ=255) aaGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTg > 2:667739/1‑149 (MQ=255) | CGGCACCACCGGTGCCATCTATCGCCAGTTCTCTATTACCATTGTTGCGGCGATGGTGCTGTCAGTACTGGTAGCGATGATCCTCACTCCGGCTCTGTGTGCCACACTACTTAAGCCACTGAAAAAAGGTGAGCATCATGGGCAAAAAGGCTTTTTTGCCTGGTTTAACCAGATGTTTAACCGCAACGCCGAACGCTACGAAAAAGGGGTGGCGAAAATTCTCCACCGTAGCCTGCGCTGGATTGTGATTTATGTCCTGCTGCTTGGCGGCATGGTGTTCCTGTTCCTGCGTTTG > NC_000913/2588974‑2589268 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |