| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,105,056 | G→A | 5.1% | S208S (TCG→TCA) | mltC → | membrane‑bound lytic murein transglycosylase C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,105,056 | 0 | G | A | 5.1% | 266.9 / 3.3 | 79 | S208S (TCG→TCA) | mltC | membrane‑bound lytic murein transglycosylase C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/40); new base A (2/2); total (37/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.74e-01 | |||||||||||
GAAAAACCGTCTGAAGAGCCGCAGCAACGGGCTGCGTATCATCTACAGCGTCACCATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTGGCAATTATGCAGACCGAATCTTCCTTTAACCCGTATGCGGTCAGCCGTTCCGATGCGCTGGGATTAATGCAGGTGGTACAACATACTGCCGGGAAAGATGTGTTCCGCTCGCAGGGGAAATCCGGCACGCCGAGCCGCA > NC_000913/3104909‑3105204 | gAAAAACCGTCTGAAGAGCCGCAGCAACGGGCTGCGTATCATCTACAGCGTCACCATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGc > 4:298347/1‑149 (MQ=255)gAAAAACCGTCTGAAGAGCCGCAGCAACGGGCTGCGTATCATCTACAGCGTCACCATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGc < 1:44172/149‑1 (MQ=255) aaaaaCCGTCTGAAGAGCCGCAGCAACGGGCTGCGTATCATCTACAGCGTCACCATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCt < 2:393129/149‑1 (MQ=255) aaaaCCGTCTGAAGAGCCGCAGCAACGGGCTGCGTATCATCTACAGCGTCACCATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTg > 3:356191/1‑149 (MQ=255) aaaCCGTCTGAAGAGCCGCAGCAACGGGCTGCGTATCATCTACAGCGTCACCATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGa > 3:140882/1‑149 (MQ=255) tCTGAAGAGCCGCAGCAACGGGCTGCGTATCATCTACAGCGTCACCATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTgg > 3:676245/1‑149 (MQ=255) tGAAGAGCCGCAGCAACGGGCTGCGTATCATCTACAGCGTCACCATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTGGCa < 3:628633/149‑1 (MQ=255) aaGAGCCGCAGCAACGGGCTGCGTATCATCTACAGCGTCACCATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCACTGATTCTGGCAAt > 4:750254/1‑149 (MQ=255) ccGCAGCAACGGGCTGCGTATCATCTACAGCGTCACCATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTGGCAATTATGc > 1:466508/1‑149 (MQ=255) gcagcaACGGGCTGCGTATCATCTACAGCGTCACCATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTGGCAATTAt < 4:187157/145‑1 (MQ=255) gcagcaACGGGCTGCGTATCATCTACAGCGTCACCATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTGGCAATTAt > 3:187157/1‑145 (MQ=255) gcagcaACGGGCTGCGTATCATCTACAGCGTCACCATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTGGCAATTATGCAg > 4:648540/1‑149 (MQ=255) gcagcaACGGGCTGCGTATCATCTACAGCGTCACCATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTGGCAATTATGCAg > 1:377865/1‑149 (MQ=255) cagcaACGGGCTGCGTATCATCTACAGCGTCACCATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTGGCAATTATGCAGa < 2:211835/149‑1 (MQ=255) ggCTGCGTATCATCTACAGCGTCACCATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTGGCAATTATGCAGACCGAATCt < 2:228842/149‑1 (MQ=255) cTGCGTATCATCTACAGCGTCACCATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTGGCAATTATGCAGACCGAATCTTc < 2:466508/149‑1 (MQ=255) cTGCGTATCATCTACAGCGTCACCATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTGGCAATTATGCAGACCGAATCTTc < 4:158057/149‑1 (MQ=255) tGCGTATCATCTACAGCGTCACCATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTGGCAATTATGCAGACCGAATCTTcc < 2:377865/149‑1 (MQ=255) 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aCAGCGTCACCATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTGGCAATTATGCAGACCGAATCTTCCTTTAACCCGTAt > 3:45000/1‑149 (MQ=255) cAGCGTCACCATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTGGCAATTATGCAGACCGAATCTTCCTTTAACCCGTATg > 4:280071/1‑149 (MQ=255) cAGCGTCACCATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTGGCAATTATGCAGACCGAATCTTCCTTTAACCCGTATg > 2:123669/1‑149 (MQ=255) gCGTCACCATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTGGCAATTATGCAGACCGAATCTTCCTTTAACCCGTATGCg < 4:676245/149‑1 (MQ=255) tCACCATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTGGCAATTATGCAGACCGAATCTTCCTTTAACCCGTATGCGGTc < 4:537022/149‑1 (MQ=255) cACCATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTGGCAATTATGCAGACCGAATCTTCCTTTAACCCGTATGCGGTCa < 3:729175/149‑1 (MQ=255) cATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTGGCAATTATGCAGACCGAATCTTCCTTTAACCCGTATGCGGTCAGcc > 4:170590/1‑149 (MQ=255) cATTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCACCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTGGCAATTATGCAGACCGAATCTTCCTTTAACCCGTATGCGGTCAGcc > 3:715433/1‑149 (MQ=255) aTTAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTGGCAATTATGCAGACCGAATCTTCCTTTAACCCGTATGCGGTCAGCCg > 3:748173/1‑149 (MQ=255) tAACATGGTGCCGAACCACCTTGATAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGCTTCTGGCAATTATGCAGACCGAATCTTCCTTTAACCCGTATGCGGTCAGCCGtt < 1:523882/149‑1 (MQ=255) 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tAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTGGCAATTATGCAGACCGAATCTTCCTTTAACCCGTATGCGGTCAGCCGTTCCGATGCGCTGGGATTAATGCAgg < 4:748173/149‑1 (MQ=255) tAAACGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCACTGATTCTGGCAATTATGCAGACCGAATCTTCCTTTAACCCGTATGCGGTCAGCCGTTCCGATGCGCTGGGATTAATGCAgg > 3:646023/1‑149 (MQ=255) aCGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTGGCAATTATGCAGACCGAATCTTCCTTTAACCCGTATGCGGTCAGCCGTTCCGATGCGCTGGGATTAATGCAggtgg < 3:170590/149‑1 (MQ=255) cGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTGGCAATTATGCAGACCGAATCTTCCTTTAACCCGTATGCGGTCAGCCGTTCCGATGCGCTGGGATTAATGCAggtggt < 1:178484/149‑1 (MQ=255) cGTGCGCACAAATATCTCGGCATGGTCCGCCAGGCGTCACGGAAATATGGCGTTGATGAGTCGCTGATTCTGGCAATTATGCAGACCGAATCTTCCTTTAACCCGTATGCGGTCAGCCGTTCCGATGCGCTGGGATTAATGCAggtggt < 2:439853/149‑1 (MQ=255) 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NC_000913/3104909‑3105204 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |