| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,448,050 | C→A | 6.1% | G34C (GGC→TGC) | rplN ← | 50S ribosomal subunit protein L14 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,448,050 | 0 | C | A | 6.1% | 412.2 / 13.6 | 115 | G34C (GGC→TGC) | rplN | 50S ribosomal subunit protein L14 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/57); new base A (4/3); total (55/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GCATTACCATCGAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGAAAATCAGGTC > NC_000913/3447902‑3448198 | gCATTACCATCGAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGcc > 3:561607/1‑149 (MQ=255)gCATTACCATCGAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGcc > 3:326326/1‑149 (MQ=255) aTCGAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGc > 1:342959/1‑149 (MQ=255) tCGAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCg > 1:292964/1‑149 (MQ=255) gAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGCATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGAc > 4:64794/1‑149 (MQ=255) gAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGAc > 2:227101/1‑149 (MQ=255) gAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACACGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCG‑CTACGCAGGCGTAggcgac < 4:736948/149‑6 (MQ=255) aaGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACg > 2:434983/1‑149 (MQ=255) aGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACgg < 1:245164/149‑1 (MQ=255) aGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACgg > 1:403078/1‑149 (MQ=255) gAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGc > 3:750827/1‑149 (MQ=255) aTGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGa < 1:438879/149‑1 (MQ=255) aGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCAc > 4:552336/1‑149 (MQ=255) ggCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTg > 1:556081/1‑149 (MQ=255) gCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTTATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGa < 1:770262/149‑1 (MQ=255) gCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGa < 4:796298/149‑1 (MQ=255) gacgaACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATa < 1:665301/149‑1 (MQ=255) gaACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGa > 2:567435/1‑127 (MQ=255) gaACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCG‑CTACGCAGGCGTAggcga > 1:502424/1‑115 (MQ=255) gaACACCCTTATTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTCCCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCG‑CTACGCAGGCGTAggcga < 2:502424/119‑5 (MQ=255) aaCACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATAcaca < 1:485519/149‑1 (MQ=255) aaCACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATAcaca < 1:637906/149‑1 (MQ=255) acacCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACAt > 2:777222/1‑149 (MQ=255) ccTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTAcg > 2:719836/1‑149 (MQ=255) 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ttGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACg > 4:448598/1‑149 (MQ=255) caccacTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCAACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCgg > 3:197365/1‑149 (MQ=255) accacTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGa < 2:266063/149‑1 (MQ=255) accacTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGa < 3:590782/149‑1 (MQ=255) cacTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGt > 3:9951/1‑149 (MQ=255) acTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGtt < 3:124569/149‑1 (MQ=255) acTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGtt > 3:438662/1‑149 (MQ=255) tCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACg < 2:556081/149‑1 (MQ=255) cacaTCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCa < 4:750827/149‑1 (MQ=255) cacaTCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCa > 2:258157/1‑149 (MQ=255) cACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCtt > 4:474342/1‑100 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atgatgTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTgag < 3:448598/149‑1 (MQ=255) tgatgTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTgaga > 4:75714/1‑149 (MQ=255) tcgcTACGCAGGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTg > 2:340806/4‑116 (MQ=255) tcgcTACGCAGGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGaa > 1:746733/4‑149 (MQ=255) cGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGaa < 2:778482/149‑1 (MQ=255) gCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGAATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGaaa < 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(MQ=255) cTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGAAAATCAGGTc < 2:410494/149‑1 (MQ=255) | GCATTACCATCGAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGAAAATCAGGTC > NC_000913/3447902‑3448198 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |