| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,448,051 | T→G | 6.1% | A33A (GCA→GCC) | rplN ← | 50S ribosomal subunit protein L14 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,448,051 | 0 | T | G | 6.1% | 409.3 / 14.7 | 115 | A33A (GCA→GCC) | rplN | 50S ribosomal subunit protein L14 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/58); new base G (4/3); total (54/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CATTACCATCGAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGAAAATCAGGTC > NC_000913/3447903‑3448198 | cATTACCATCGAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCt > 3:201823/1‑149 (MQ=255) aTCGAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGc > 1:342959/1‑149 (MQ=255) tCGAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCg > 1:292964/1‑149 (MQ=255) gAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGAc > 2:227101/1‑149 (MQ=255) gAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACACGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCG‑CTACGCAGGCGTAggcgac < 4:736948/149‑6 (MQ=255) aaGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACg > 2:434983/1‑149 (MQ=255) aGCGNATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACgg > 1:266063/1‑149 (MQ=255) aGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACgg < 1:245164/149‑1 (MQ=255) gAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGc > 3:750827/1‑149 (MQ=255) aTGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGa < 1:456341/149‑1 (MQ=255) aTGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGa < 1:438879/149‑1 (MQ=255) aGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCAc > 4:552336/1‑149 (MQ=255) aaCCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCAccc > 1:354067/1‑149 (MQ=255) 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tttttGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTg < 3:64794/149‑1 (MQ=255) ttttGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGt < 3:384961/149‑1 (MQ=255) aCCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATa < 2:277804/138‑1 (MQ=255) cTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGa > 1:683907/1‑149 (MQ=255) cTTACCACGCGGAACTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGa > 3:59479/1‑149 (MQ=255) 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atgatgTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTgag < 3:448598/149‑1 (MQ=255) tgatgTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTgaga > 4:75714/1‑149 (MQ=255) tcgcTACGCAGGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTg > 2:340806/4‑116 (MQ=255) tcgcTACGCAGGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGaa > 1:746733/4‑149 (MQ=255) cGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGaa < 2:778482/149‑1 (MQ=255) gCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGAATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGaaa < 1:434983/149‑1 (MQ=255) ccTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTg > 1:418014/1‑114 (MQ=255) ccTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTg < 2:418014/114‑1 (MQ=255) cTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGAAAAt > 2:27464/1‑149 (MQ=255) cGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGAAAATCAg < 2:540581/149‑1 (MQ=255) gCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGAAAATCAgg < 4:438662/149‑1 (MQ=255) gCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGAAAATCAgg > 2:379075/1‑149 (MQ=255) cTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGAAAATCAGGTc < 2:410494/149‑1 (MQ=255) | CATTACCATCGAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAGCGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGAAAATCAGGTC > NC_000913/3447903‑3448198 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |