Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 4,138,892 | G→A | V48V (GTC→GTT) | gldA ← | glycerol dehydrogenase, NAD+ dependent; 1,2‑propanediol:NAD+ oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,138,892 | 0 | G | A | 98.4% | 389.4 / NA | 124 | V48V (GTC→GTT) | gldA | glycerol dehydrogenase, NAD+ dependent; 1,2‑propanediol:NAD+ oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base A (57/64); minor base C (2/0); total (59/65) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.28e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
GGTCAAACTCACCCTCATCGGTGTAGATAACAGACAATGCGCTGCACGGTGCATCGGTAGAGGCGATAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACACTGCGCAGTCTCCGCGATGCCACGCAGACGGTCGATCTCATTTTGCGAACATTCACCGCCAAACGGCGCAATTTCTACTACCAGTCCAGCATCTTTAAAGCTTTTCTCGACAGTGGATTGAGCAAAACCTAAAACAAATTTGTCACCCACCACTAACCAGCGTTCTGCCAGCGGCTTCAGGTATTCGCCCAGACGATTAATCACATCAGCGCCCTGGATGTATTTACCCGGTGATTGAATAATGCGGTCCATAATTGCTCCTTTAGAGATGAGTAGTGCCAAATGCGGCATTCCAGTCGTGTTCGAACTTCTCTATAGCTGACTCTACCGCAGGGGTGTTGAGCATTTGTTGCGCTACATCTAAGGGCAGGGTGATGGATT > NC_000913/4138621‑4139164 | ggTCAAACTCACCCTCATCGGTGTAGATAACAGACAATGCGCTGCACGGTGCATCGGTAGAGGCGATAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACACTGCGCAGTCTCCGCGATGCCACGCAGACGGTCGATCTCATTTTGCGAACATTCACCGCCAAACGGCGCAATTTCTACTACCAGTCCAGCATCTTTAAAGCTTTTCTCAACa > 3:171962/1‑275 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |