New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | NC_000913 | 2069093 = | NA (NA) | noncoding (1179/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
TGACCAACAAACATTGCAGAACTCCACCAATGCCTCCATAGCCGATAATTTGCAGGACATCCCCGGAGTAGAGATAACAGACAACTCCTTGGCAGGCCGTAAACAAATCCGCATTCGTGGCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATT‑CGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTAACCCGTCTGGTTTGGGCATGATACTGATGTAGTCACGCTTTATCGTTTTCACGAAGCTCTCTGCTATTCCGTTACTCTCCGGACTCCGCACCGCCGTGTTCTTCGGT > NC_000913/2068820‑2069204 | ttaCCAACAAACATTGCAGAACTCCACCAATGCCTCCATAGCCGATAATTTGCAGGACATCCCCGGAGTAGAGATAACAGACAACTCCTTGGCAGGCCGTAAACAAATCCGCATTCGTGGCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTTGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCAATT‑CGTGATAATGCTCGAACGCCGCTGAAAGCTACTTTTCTGCTGt > 2:265478/3‑276 (MQ=25) tGACCAACAAACATTGCAGAACTCCACCAATGCCTCCATAGCCGATAATTTGCAGGACATCCCCGGAGTAGAGATAACAGACAACTCCTTGGCAGGCCGTAAACAAATCCGCATTCGTGGCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACACGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACACAGCGCACTATGCGGATGCCATT‑CGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGt > 2:549234/1‑276 (MQ=255) tGACCAACAAACATTGCAGAACTCCACCAATGCCTCCATAGCCGATAATTTGCAGGACATCCCCGGAGTAGAGATAACAGACAACTCCTTGGCAGGCCGTAAACAAATCCGCATTAGTGGCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAAACCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCACGTGGCGAGCGATAATCTAGCGCACTAGGCGGATGCCAAT‑CGGTATAATGCTCGAACGCCTCTGTAAGGTTCATTGCTGCCg > 1:329528/1‑275 (MQ=25) aCCAACAAACATTGCAGAACTCCACCAATGCCTCCATAGCCGATAATTTGCAGGACATCCCCGGAGTAGAGATAACAGACAACTCCTTGGCAGGCCGTAAACAAATCCGCATTCGTGGCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATT‑CGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGtt > 3:864177/1‑275 (MQ=255) caaaaaACACGGCAGAACCCAACCAATGCACCAAGAGCCGATAATTTGCAGGAAATCCCCGGAGTAGAGATAACAGACAGCTCCTGGGCAGGCCGTAAACAAATCCGCATTCGTGGCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCGGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGAGGCCATT‑CGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTaa < 3:263830/275‑1 (MQ=18) aacaaacaTTGCAGAACTCCACCAATGCCTCCATAGCCGATAATTTGCAGGACATCCCCGGAGTAGAGATAACAGACAACTCCTTGGCAGGCCGTAAACAAATCCGCATTCGTGGCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTCTGCGGATGCCATT‑CGCTATAATGCTCGAACGCCCCTGCAAGGGTCTTTGCTGCCTTTAAc > 4:742508/1‑275 (MQ=255) aacaaacaTTGCAGAACTCCACCAATGCCTCCATAGCCGATAATTTGCAGGACATCCCCGGAGTAGAGATAACAGACAACTCCTTGGCAGGCCGTAAACAAATCCGCATTCGTGGCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATTCGGATGCCATT‑CGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTTCTTCCGTTaa > 1:876472/1‑274 (MQ=255) aacaaacaTTGCAGAACTCCACCAATGCCTCCATAGCCGATAATTTGCAGGACATCCCCGGAGTAGAGATAACAGACAACTCCTTGGCAGGCCGTAAACAAATCCGCATTCGTGGCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAACCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGTCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGCTGCCACT‑CGTGATCATTCTCGCACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGCTacc > 4:78935/1‑273 (MQ=25) 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atCCACCCAGGCCTCCAGAGCCGATAATTTCCAGGACATCCCCGCGGTAAAGATAACAGAAAAGCCCTTGGCAGGCCGTAAACAAATCCGCATTCGTGGCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAAACCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGAGAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATT‑CGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTAACCCGTCTGGTTTGGGCa < 3:321552/274‑1 (MQ=18) caccaATGCCTCCATAGCCGATAATTTGCAGGACATCCCCGGAGTTGAGATAACAGACAACTCCTTGGCAGGCCGTAAACAAATCCGCATTCGTGGCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACACATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCCCTATGCGGATGCCATT‑CGTTATAATGCTCGACCGCCCCCGACAGGTTCTTTCCTGCCTTTAACCCGTCTGCTTTGGGCATGAt > 4:323341/1‑276 (MQ=21) caccaATGCCTCCATAGCCGATAATTTGCAGGACATCCCCGGAGTAGAGATAACAGACAACTCCTTGGCAGGCCGTAAACAAATCCGCATTCGTGGCTGGTTTTGCCCCTATTTTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCCGATATTCCCGTTGCGAGCGATAACCCAGCCCACCATGCGGTTGCCATT‑CGTTCTTATACTCTAACGCCACTGCAAGTTTCTTTCATTCCGTTAACCCGCCCGGTTTTGGctttga > 4:94245/1‑271 (MQ=21) 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aCAACTCCTTGGCAGGCCGTAAACAAATCCGCATTCGTGGCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATT‑CGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTAACCCGTCTGGTTTGGGCATGATACTGATGTAGTCACGCTTTATCGTTTTCACGAAGCTCTCTGCTATTCCGTTAct > 3:97398/1‑274 (MQ=255) aCAACTCCTTGGCAGGCCGTAAACAAATCCGCATTCGTGGCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATT‑CGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTAACCCGTCTGCTTTGGGCCTTGTACTGATGTAGTCACCCTTTATGCTTTTCCAGAAGCTCTCTTCTACTCCCTTActc > 4:213289/1‑275 (MQ=14) aaCTCCTTGGCAGGCCGTAAACAAATCCGCATTCGTGGCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACGATGCGGATGCCATT‑CGTTATAATGCTCGAACCCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCGGTTAACCCGTTTGGTTTGGGCATGATCCTGCTGTAGTCACGCTTTATCGTTTTCACGAAGATCTCTGCTGTTTCTTTACtctc > 4:577846/1‑275 (MQ=14) aCTCCTTGGCAGGCCGTAAACAAATCCGCATTCGTGGCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATT‑CGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTAACCCGTCTGGTTTGGGCATGATACTGATGTAGTCAAGCTTTCTCGTTTTCACGAAGCTCTCTGCTATTCAGTTACtctc > 1:169035/1‑274 (MQ=255) aCTCCTTGGCAGGCCGTAAACAAATCCGCATTCGTGGCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGACGCCATT‑CGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTAACCCGTCTGGTTTGGGCATGATACTGATGTAGTCACGCTTTATCTTTTTCAc > 3:576019/1‑247 (MQ=255) cTCCTTGGCAGGCCGTAAACAAATCCGCATTCGTGGCTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATT‑CGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAGGTTCTTTGCTGCCGTTAACCCGTCTGGTTTGGGCATGATACTGATGTAGTCACGCTTTATCGTTTTCACGAAGCTCTCTGCTATTCCGTTACTCTcc > 1:857999/1‑274 (MQ=255) 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NC_000913/2068820‑2069204 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |