Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,585,149 | 0 | G | . | 5.8% | 593.7 / 30.5 | 172 | coding (1338/2280 nt) | ydeP | putative oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (77/85); new base . (5/5); total (82/90) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.61e-04 |
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
AGGCATGAATCATCGACATTGAATCCTCAACGGTTACCGCCTGCGCACCGTTTTTTTGCATGTCAATCTCGCTACGTCCCAGGACCGGCAGAATATAGCTATGCCGTGCGGTCAACAGATGAGAGCGGTTAAGCTTAGTGGCTACGTGTACCGCCAAATCTAATTGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTACCTTTCATCAACAGCAGATTGACCAGTTGCTGTACGTTCTGGGTACCATGTTCGTGCTGAGTGATCCCCATTCCGTAACAGATAATGGTGCGTTCGGCAG > NC_000913/1584878‑1585417 | aGGCATGAATCATCGACATTGAATCCTCAACGGTTACCGCCTGCGCACCGTTTTTTTGCATGTCAATCTCGCTACGTCCCAGGACCGGCAGAATATAGCTATGCCGTGCGGTCAACAGATGAGAGCGGTTAAGCTTAGTGGCTACGTGTACCGCCAAATCTAATTGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGCTCAATGCTAGAGCCTGCCCCGTACCTATTGCTTTCATGCTGGc > 1:60960/1‑274 (MQ=255) gAATCATGGACATTGAATCCTCCACGGTTACCGCCTGCGCACCGTTTTTTTGCATGTCAATCTCGCTACGTCCCAGGACCGGCAGAATATAGCTAAGCCGTGCGGTCAACAGATGAGAGCGGTTAAGCTTAGTGGCTACGTGTACCGCCAAATCTAATTGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTg‑ca < 2:71665/275‑1 (MQ=255) atcatcGACATTGAATCCTCAACGGTTACCGCCTGCGCACCGTTTTTTTGCATGTCAATCTCGCTACGTCCCAGGACCGGCAGAATATAGCTATGCCGTGCGGTCAACAGATGAGAGCGGTTAAGCTTAGTGGCTACGTGTACCGCCAAATCTAATTGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTg‑cagc < 4:498856/275‑1 (MQ=255) atcatcGACATTGAATCCTCAACGGTTACAGCCTGGGCACCGTTTTTTTGCATGTCAATCTCGCTACGTCCCAGGACCGGCAGAATATAGCTATGCCGTGCGGTCAACAGATGAGAGCGGTTAAGCTTAGTGGCTACGTGTACCGCCAAATCTAATTGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTg‑cagc < 4:439079/275‑1 (MQ=255) atcGACATTGAATCCTCAACGGTTACCGCCTGCGCACCGTTTTTTTGCATGTCAATCTCGCTACGTCCCAGGACCGGCAGAATATAGCTATGCCGTGCGGTCAACAGATGAGAGCGGTTAAGCTTAGTGGCTACGTGTACCACCAAATCTAATTGCGTTAACGGTACATCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCCTGCAGATCAATTCTCCAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTCCATGCTGGCAATTC‑CAGCATg > 1:50157/1‑275 (MQ=255) aTTGAATCCTCAACGGTTACCTCCTGCGCCCCGTTTTTTTGCATGGCAATCTCGATACGTCCCAGGACCGGCAGAATATAGCTATGCCGTGCAGTAAACAGATGAGAGCGGTTAAGCTTAGTGGCTACGTGTACCGCCAAATCTAATTGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTAAATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAg < 1:111372/274‑1 (MQ=255) ttGAATCCTCAACGGTTACCGCCTGCGCACCG‑TTTTTTGCATGTCAATCTCGCTACGTCCCAGGACCGGCAGAATATAGCTATGCCGTGCGGTCAACAGATGAGAGCGGTTAAGCTTAGTGGCTACGTGTACCGCCAAATCTAATTGCGTTAACGGTACAGCGCTCGCTTCCCGATCTGGCATTGCCAGCGCAAAATTGCCCCCCATGCAGATCAATGCTCGAGCCTGCCCCGTACATATTGCTTGCATGCTGGCAATTG‑CAGCATGTCCAGGt < 2:192870/274‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |