New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 884909 = | 81 (0.510) | 7 (0.050) | 6/248 | NT | 8.3% | intergenic (+4/+37) | mdfA/ybjH | multidrug efflux system protein/uncharacterized protein |
? | NC_000913 | 884940 = | 79 (0.540) | intergenic (+35/+6) | mdfA/ybjH | multidrug efflux system protein/uncharacterized protein |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGACTGTTTAATCTCTTCAACCTTGTCAACGGAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGATGGCGAACATAAGGATGCGGGCGGTAAGCCGGAGCTGGCGCAGGAGCCACATAGACGGTTTGCGGCACAGTCGCGACGCTGACCGCTTGTGGAACGCTGACTGAATCAGGAACCACAACCACTTTGTATCCACTCGGCACATCGACGGTGACACTTTGCGCCATCGCCACA > NC_000913/884643‑885177 | tgggcgcgcttttaatgggctttactggtgtggcgatggcgcaaagtgtcaccgtcgatgtgccgagtggatacaaagtggttgtggttcctgattcagtcagcgttccacaagcggtcagcgtcgcgactgtgccgcaaaccgtctatgtggctcctgcgccagctccggcttaccacccgcatccttatgttcgtcatcttgccagcgtaggtgaagggatggttatcgaacaccagattgacgaccatcaccattaattcgagAATGCCTGa > 1:73245‑M1/267‑275 (MQ=255) 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gCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGACTGTTTAATCTCTTCAACCTTGTCAACGGAATTTTGTGGCGGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCCCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACGTCTTTGTGCGAACAg > 4:423933/1‑275 (MQ=255) ggatttgTGAGAGTAACACTGTTTGCANNGGAAATGAGTTAAGGTACGGTTTCTGCCGCNATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGGTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAANGGACTGTTTAATCTATTCAACCTTGTCAACGGAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATtct < 3:61034/267‑1 (MQ=255) aTTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGCATGCTGCAAATGCTTATCTTTACAGTTGGTATTGACATCAGCCAACATGCCTGCCTGAACGGGGGCAACGGACTGTTTAATCTCTTCACCCTTGTCAACGGACTTTCGTGCCTGTCGCTCACTGTTATCTTCTTAAAAGATAACCCGAGGTGCAGTTCCCACGACGGGTAAACAAATTCCTGACTGCTTGCTGCGTCCATGCCTTCTCgccttactgtcc > 4:65612/1‑264 (MQ=255) 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(MQ=255) tGTCAACGGAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCCCCTACGCTGGCAAGCTGGCGAACATACGGATGCGGGCGGTAAGCCGGAGCTGGCGCAGAAGCCACATAGACGGTTTGCGGCACAGTCGGGACGCTGACACCTTGTGGAAc > 2:482575/1‑275 (MQ=255) tGTCAACGGAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCAcc > 1:133219/1‑167 (MQ=255) aaCGGAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACg < 3:133219/167‑1 (MQ=255) aCGGAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATg < 8:560239/81‑1 (MQ=255) aCGGAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATg > 7:560239/1‑81 (MQ=255) 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ggCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTtg < 8:699485/82‑1 (MQ=255) gCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGATGGCGAACATAAGGATGCGGGCGGTAAGCCGGAGCTGGCGCAGGAGCCACATAGACGGTTTGCGGCACAGTCGCGACGCTGACCGCTTGTGGAACGCTGACTGAATCAGGaac < 2:99141/275‑1 (MQ=255) gCTGAGTGTTATGTTTTTAAAAGAGAAACGGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATTCCGGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGAGGGCGAACATAAGGATGCGGGCGGTAAGCCGGAGCTGGCGCAGGAGCCACATAGACGGTTTGCGGCACAGTCGCGACGCTGACCGCTTGTGGAACGCTGACTGAATCAGGaaccacaac < 4:1555/275‑1 (MQ=255) taggtgaagggatggttatcgaacaccagattgacgaccatcaccattaattcgagAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGACAt > 8:247432‑M1/57‑86 (MQ=255) taggtgaagggatggttatcgaacaccagattgacgaccatcaccattaattcgagAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGACAt < 7:247432‑M1/30‑1 (MQ=255) 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8:36545‑M1/43‑45 (MQ=255) gttatcgaacaccagattgacgaccatcaccattaattcgagAAt < 7:36545‑M1/3‑1 (MQ=255) aaGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTGAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTg > 8:682491/1‑130 (MQ=255) aaGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTg < 7:682491/130‑1 (MQ=255) aacaccagattgacgaccatcaccattaattcgagAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAgg > 7:327087‑M1/36‑62 (MQ=255) aacaccagattgacgaccatcaccattaattcgagAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAgg < 8:327087‑M1/27‑1 (MQ=255) cAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCaa > 6:754325/1‑126 (MQ=255) cAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCaa < 5:754325/126‑1 (MQ=255) gATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGATGGCGAACATa > 7:942541/1‑137 (MQ=255) gggAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGATGGCGAACATAAGGATGCGGGCGGTAAGCCGGAGCTGGCGCAGGAGCCACATAGACGGTTTGCGGAGCAGTCGCGACGCTGAACGCTTGTGGAACGATGACTGAATCAGGAACCAAAAACACTTTGTATCCACTCGGCACAGCAACGGtca > 2:352579/1‑272 (MQ=255) tctcACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCa < 6:456142/93‑1 (MQ=255) cGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCt > 5:251783/1‑73 (MQ=255) gAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAAGTGGGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGATGGCGAACATAAGGATGCGGGCGGTAAGCCGGAGCTGGCGCAGGAGCCACATAGACGGTTTGCGGCACAGTCGCGACGCTGACCGCTTGTGGAACGCTGACTGAATCAGGAACCACAACCACTTTGTATCCACTCGGCACATCGACGGTGACACTTTgcgc < 2:297405/271‑1 (MQ=255) 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AATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGATGGCGAACATAAGGATGCGGGCGGTAAg > 5:16594‑M1/1‑126 (MQ=255) AATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGATGGCGAACATAAGGATGCGGGCGGTAAg < 6:16594‑M1/126‑1 (MQ=255) | CTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGACTGTTTAATCTCTTCAACCTTGTCAACGGAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGATGGCGAACATAAGGATGCGGGCGGTAAGCCGGAGCTGGCGCAGGAGCCACATAGACGGTTTGCGGCACAGTCGCGACGCTGACCGCTTGTGGAACGCTGACTGAATCAGGAACCACAACCACTTTGTATCCACTCGGCACATCGACGGTGACACTTTGCGCCATCGCCACA > NC_000913/884643‑885177 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |