| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 668256 | 150 (1.020) | coding (460/468 nt) | rlmH | 23S rRNA m(3)Psi1915 pseudouridine methyltransferase, SAM‑dependent | |||||
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GAGGGATACCGTTACGATCGTAGATAATGCCGCGGCTGGGCGCGATAGGCACCAGCTTAATGCGGTTTTCATTAGAGCGGGTCTGGTAGTCGGTAAAGCGAACAATTTGCAGATTATACAGGTTGGCGATAAGCACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTACAGGCAGGCGACAACCCTTCAGGCCCGCCAATCAGTAGACTGACGT‑‑CGCGACCATCCAGCTTCCAGCGTTCCAGCTCAGCGGCTAACTGCGGCGTATCCCAGGGCTTGCCTGGAATATCGAGGGTGACAATGCGGTTTTTGCCTGCGGCC > NC_000913/667983‑668530 | tACCGTTACGATCGTAGATAATGCCGCGGCTGGGCGCGATAGGCACCAGCTTAATGCGGTTTTCATTAGAGCGGGTCTGGTAGTCGGTAAAGCGAACAATTTGCAGATTATACAGGTTGGCGATAAGCACGCCGGACAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATCGCCGCGAAAAGAGTCCTTTAGTTGCATCCGCTGCGTTTTCTACTTCAAGCTCCCTTCTCCACCACGgtgctaa < 4:121475‑M2/275‑8 (MQ=255) gTAGATAATGCCGCGGCTGGGCGCGATAGGCACCAGCTTAATGCGGTTTTCATTAGAGCGGGTCTGGTAGTCGGTAAAGCGAACAATTTGCAGATTATACAGGTTGGCGATAAGCACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTCTCACTCACGGTGATAAGGATGGTtggtg > 1:4873/1‑274 (MQ=255) cgGCTGGGCGCGATAGGCACCAGCTTAATGCGGTTTTCATTAGAGCGGGTCTGGTAGTCGGTAAAGCGAACAATTTGCAGATTATACAGGTTGGCGATAAGCACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACg > 2:31084/1‑274 (MQ=255) gCTGGGGGCGATAGGCACCAGCTTAATGCGGTTTTCATTAGAGCGGGTCTGGTAGTCGGTAAAGCGAACAATTTGCAGATTATACAGGTTGGCGATAAGCACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGcc < 2:341894/274‑1 (MQ=255) gtGGGAGCGATAGGAACCAGCTGAATGCGGTTTTCATTAGAGCGGGTCTGGTAGTCGGTAAAGCGAACAATTTGCAGAGTATACAGGTTGGCGATAAGCACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGccc < 2:171226/273‑1 (MQ=255) cTGGGCGCGAGAGGCACCAGCTTAATGCGGTTTTCATTAGAGCGGGTCTGGTAGTCGGTAAAGCGAACAATTTGCAGATTATACAGGTTGGCGATAAGCACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGccc < 2:401057/274‑1 (MQ=255) gcgcGATAGGCACCAGCTTAATGCGGTTTTCATTAGAGCGGGTCTGGTAGTCGGTAAAGCGAACAATTTGCAGATTATACAGGTTGGCGATAAGCACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGCATCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCCCCCTTATCACTCACGGTGATCAGGTTGGTTGCTGGTACTGCCCCACGCCCgtgc > 4:304149/1‑271 (MQ=255) ggATAGGAACCATATTAATTCGGTGTGAAGTCGAGCGGGTATGGTAGTCGTGAAAGCGAACAATTTGCGGATTATACAGGGTGGCGATAAGCACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAACGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGa < 4:485824/274‑1 (MQ=255) aTGCGGTTTTCATTAGAGCGGGTCTGGTAGTCGGTAAAGCGAACAATTTGCAGATTATACAGGTTGGCGATAAGCACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCACGGTACAGACTATCTGCGACCAGccc > 2:441945/1‑273 (MQ=255) aTGCGGTTTTCATTAGAGCGGGGCTGGTAGTCGGTAAAGCGAACAATTTGCAGATTATACAGGTTGGCGATAAGCACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTcc < 1:20026/244‑1 (MQ=255) 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aaGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTtggtgg > 8:135024/1‑78 (MQ=255) aaGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTtggtgg < 7:135024/78‑1 (MQ=255) aaGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAg < 6:459556/127‑1 (MQ=255) aaGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAg > 5:459556/1‑127 (MQ=255) tAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGAc > 5:311064/1‑148 (MQ=255) tAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGAc > 5:1018974/1‑148 (MQ=255) aGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAg > 6:197659/1‑143 (MQ=255) aGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAg < 5:197659/143‑1 (MQ=255) ttttCTTCCGCGGCGTTTTTTACTAAAAGCTCCCTTATCACTCACGGGGATAAGGATGGTTGGTGGTGAGGCGCCACGCCCGGTACAGACGCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGAGGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTACAGGCAGGCGACAACCCTTCAGGCCCGCCAATCAGTAGACTGACGT‑‑CGCGACCATCCAGCTTCCAGCGTTCCAGCTCAGCGGCTAACTGCGGCGTATCCCAggg < 4:501387/273‑1 (MQ=255) ccGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGt > 7:521095/1‑123 (MQ=255) ccGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGt < 8:521095/123‑1 (MQ=255) ctcTGCGTTTTCTACCCAAAGCTCCCTTGTTATCGTCGGGGAGAAGGATGGTTGGGGGTGTGGCCCCACGCCCGGTACGGACACTCCGCGGCCAGCAGGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCGGCGTTACAGGCAGGCGACAACCCTTCAGGCCCGCCAATCAGTAGACTGGCGT‑‑CGCGACCATCCAGCTTCCAGCGTTCCAGCTCAGCGGCTAACTGCGGCGTATCCCAGGGCTTGCCTgg < 4:1634/273‑1 (MQ=255) aCTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATggggg < 6:669783/104‑1 (MQ=255) aCTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATggggg > 5:669783/1‑104 (MQ=255) cTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTACAGGCAGGCGACAACCCTTCAGGCCCGCCAATCAGTAGACTGACGT‑‑CGCGACCATCCAGCTTCCAGCGTTCCAGCTCAGCGGCTAACTGCGGCGTATCCCAGGGCTTGCCTGGAATATCGAGGGTGa < 2:121476/275‑1 (MQ=255) aaaGCCCCCCTAGCACTCACGGTGATAAGGAGGTGTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACGATCTGCGCACAGAACGCGAAGCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTACAGGCAGGCGACAACCCTTCAGGCCCGCCAATCAGTAGACTGACGTCGCGCGACCATCCAGCTTCCAGCGTTCCAGCTCAGCGGCTAACTGCGGCGTATCCCAGGGCTTGCCTGGAATATCGAGGGTGa < 4:55538/274‑1 (MQ=255) cTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTAcaggcag < 6:1018974/148‑1 (MQ=255) cTTATCACTCACGgtgataagggagctttgagtagaaaacgcagcggatgaa > 8:476946‑M2/1‑13 (MQ=255) cTTATCACTCACGgtgataagggagctttgagtagaaaacgcagcggatgaa < 7:476946‑M2/52‑40 (MQ=255) cTTATCACTCACGGTGATAAGGGTGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGACCCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTAcaggca < 8:988884/143‑1 (MQ=255) cTTATCACTCACGGTGATAAGGGTGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTGcaggca > 7:988884/1‑143 (MQ=255) cTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATg > 6:289713/1‑88 (MQ=255) ttATCACTCACGgtgataagggagctttgagtagaaaacgcagcgg < 7:247280‑M2/46‑35 (MQ=255) ttATCACTCACGgtgataagggagctttgagtagaaaacgcagcgg > 8:247280‑M2/1‑12 (MQ=255) ttATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAg > 6:853941/1‑93 (MQ=255) ttATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAg < 5:853941/93‑1 (MQ=255) tATCACTCACGgtgataagggagctttgagtagaaaacgcagcggatgaaactacagaactcttttcgcgactatacggcagagtccgcgctgtttgtgcgccgggcgctggtcgcctttttg > 7:672901‑M2/1‑11 (MQ=255) tATCACTCACGgtgataagggagctttgagtagaaaacgcagcggatgaaactacagaactcttttcgcgactatacggcagagtccgcgctgtttgtgcgccgggcgctggtcgcctttttg < 8:672901‑M2/123‑113 (MQ=255) cactcacGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTACAGGCAGGCGACAAcc > 6:183810/1‑148 (MQ=255) actcacGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCAAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCCTTACAGGCAGGCGACAACCCTTCAGGCCCGCCAATCAGTAGACTGACGT‑‑CGCGACCATCCAGc > 2:96380/1‑191 (MQ=255) cacGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCg < 6:243993/102‑1 (MQ=255) cacGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCg > 5:243993/1‑102 (MQ=255) cacGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTa > 7:964475/1‑128 (MQ=255) cacGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTa < 8:964475/128‑1 (MQ=255) cacGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTACAGGCAGGCGACAACCCTTCAGGCCCGCCAATCAGTAGACTGACGT‑‑CGCGCCCATCCAGCTTCCAGCGTTCCAGCTCAGCGGCTAACTGCGGCGTCTCCCAGGGCTTGCCTGGAATATCGAGGGTGACACTGCGGTTTTTGCCTGCg > 1:112135/1‑275 (MQ=255) cacGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTACAGGCAGGCGACAACCCTTCAGGCCCGCCAATCAGTAGACTGACGT‑‑CGCGACCATCCAGc > 3:71365/1‑188 (MQ=255) cGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTACAGGCAGGCGACAACCCTTCAGGCCCGCCAATCAGTAGACTGACGT‑‑CGCGACCATCCAGCTTCCAGCGTTCCAGCTCAGCGGCTAACTGCGGCGTATCCCAGGGCTTGCCTGGAATATCGAGGGTGACAATGCGGTTTTTGCCTGCgg < 1:156380/274‑1 (MQ=255) | GAGGGATACCGTTACGATCGTAGATAATGCCGCGGCTGGGCGCGATAGGCACCAGCTTAATGCGGTTTTCATTAGAGCGGGTCTGGTAGTCGGTAAAGCGAACAATTTGCAGATTATACAGGTTGGCGATAAGCACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTTGGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTACAGGCAGGCGACAACCCTTCAGGCCCGCCAATCAGTAGACTGACGT‑‑CGCGACCATCCAGCTTCCAGCGTTCCAGCTCAGCGGCTAACTGCGGCGTATCCCAGGGCTTGCCTGGAATATCGAGGGTGACAATGCGGTTTTTGCCTGCGGCC > NC_000913/667983‑668530 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |