| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,227,052 | A→T | 8.2% | intergenic (+84/+19) | ycgJ → / ← pliG | uncharacterized protein/periplasmic inhibitor of g‑type lysozyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,227,052 | 0 | A | T | 8.2% | 188.7 / 8.3 | 61 | intergenic (+84/+19) | ycgJ/pliG | uncharacterized protein/periplasmic inhibitor of g‑type lysozyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/28); new base T (2/3); total (30/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.48e-01 | |||||||||||
GCGAAAAAGCCGCTGAAAACTTACAATCATTACAAGGCTACGATCCCAGCGAATTTACATTCGCTAACGGTGTATTTTGCGATGTTAAAGAAAAATTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTGTCCGTGACTATCGAGTTCTGGGGAATATCTGGATAAATCAACTGAATCATCGATTCCTGGCCCGAAGAGGTAAGTATCAGCGCCTTCATTAGAGATACTCACATGCACTTTCTGACCTTTTTTGGCATAGAAGGTATATGTATCG > NC_000913/1226778‑1227326 | gCGAAAAAGCCGCTGAAAACTTACAATCATTACAAGGCTACGATCCCAGCGAATTTACATTCGCTAACGGTGTATTTTGCGATGTTAAAGAAAAATTATGTCGTGATGATCGTTATTTTGGTGTGGATGGTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGgaga > 4:242731/1‑275 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |