| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,684,019 | C→T | 5.5% | R380W (CGG→TGG) | rstB → | sensory histidine kinase of RstAB two‑component system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,684,019 | 0 | C | T | 5.5% | 480.2 / 11.9 | 146 | R380W (CGG→TGG) | rstB | sensory histidine kinase of RstAB two‑component system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (68/70); new base T (4/4); total (72/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.16e-01 | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
CATCTGGCAGATATTCAGGCAGTAACGCCCGATAAAACGGTACGGATAAAAACGCTCGTGCAAGGCCATTATGCGGCGTTGGATATGCGCTTAATGGAGCGCGTGCTGGATAATTTGCTCAATAACGCCCTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAATATTATGGCGCGTTACGATCTCGTAGAC > NC_000913/1683746‑1684282 | cATCTGGCAGATATTCAGGCAGTAACGCCCGATAAAACGGTACGGATAAAAACGCTCGTGCAAGGCCATTATGCGGCGTTGGATATGCGCTTAATGGAGCGCGTGCTGGATAATTTGCTCAATAACGCCCTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCAAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTACCCCCGATCCCACCCg > 4:438768/1‑275 (MQ=255) ccGATAAAACGGTACGGATAAAAACGCTCGTGCAAGGCCATTATGCGGCGTTGGATATGCGCTTAATGGAGCGCGTGCTGGATAATTTGCTCAATAACGCCCTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCgggctg < 2:190555/275‑1 (MQ=255) tACGGATAAAAACGCTCGTGCAAGGCCATTATGCGGCGTTGGATATGCGCTTAATGGAGCGCGTGCTGGATAATTTGCTCAATAACGCCCTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCACAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCTATCCCAACCGGGACCACTCAACCGGAGGCTGCGGTCTGGGGCTTGCCAtt > 4:131190/1‑275 (MQ=255) ggATAAAAACGATCGGGCAAGGCCATTATGCGGCGTTGGATATGCGCTTAATGGAGCGCGTGCTGGATAATTTGCTCAATAACGCCCTGCGGTAATGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTc < 2:457011/275‑1 (MQ=255) 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tCGTGCAAGGCCATTATGCGGCGTTGGATATGCGCTTAATGGAGCGCGTGCTGGATAATTTGCTCAATAACGCCCTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCa < 2:361483/275‑1 (MQ=255) gTGCAAGGCCATTATGCGGCGTTGGATATGCGCTTAATGGAGCGCGTGCTGGATAATTTGCTCAATAACGCCCTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGCCAATTGTCCACTCTATAGCAc > 2:400910/1‑274 (MQ=255) gcgcTTAATGGAGCGCGTGCTGGATAATTTGCTCAATAACGCCCTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCCAAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCCATTGTCCACCCTTTAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTTTGaac > 4:113804/1‑273 (MQ=255) 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cATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCg > 5:599545/1‑140 (MQ=255) cATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCg < 6:599545/140‑1 (MQ=255) ttCACCGGTTGAATCCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAAAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCAAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATcc < 2:284050/275‑1 (MQ=255) aCGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGc < 7:915394/135‑1 (MQ=255) tGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCggg > 8:1133942/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |