| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,743,157 | G→A | 6.4% | P29L (CCC→CTC) | ribC ← | riboflavin synthase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,743,157 | 0 | G | A | 6.4% | 461.6 / 15.4 | 142 | P29L (CCC→CTC) | ribC | riboflavin synthase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (66/66); new base A (5/4); total (72/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
GATTATTTTCTGAGGTTAATATTTTCGCCACTTCAGCAGTGGTCATAATATGACCTGACATTAAGTGTCCGCCAATTTCATCACTGAATTTCGCCGCACGCTCAACGTTTACCCAATCCCCCACTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCTTACCAGTGAAGGGGTAAGAATGGCTATTTTTTCACTGGAGAATTAATAAATCCTCGCTACAATAGACTGAATTTCCCCTGCTTCTTCTTTTTGCTGCCCATTCAGGCGGCTTTTTAGTCT > NC_000913/1742888‑1743426 | ttCAGCAGTGGTCATAATATGACCTGACATTAAGTGTCCGCCAATTTCATCACTGAATTTCGCCGCCCGCTCAACGTTTACCCAATCCCCCACTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCCGGTACAAACTGACATTGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCATCCACGTTTATGCGCCACGGAAGAACCGGTTTACAGGCCGTACAGCATGTGTTTGGGTAACTNCACCANNCCCTCACAAAAAttttttttt > 3:4298/1‑268 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |