| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,743,160 | A→T | 6.5% | L28* (TTA→TAA) | ribC ← | riboflavin synthase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,743,160 | 0 | A | T | 6.5% | 515.2 / 17.2 | 146 | L28* (TTA→TAA) | ribC | riboflavin synthase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (68/68); new base T (6/4); total (74/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
GATTATTTTCTGAGGTTAATATTTTCGCCACTTCAGCAGTGGTCATAATATGACCTGACATTAAGTGTCCGCCAATTTCATCACTGAATTTCGCCGCACGCTCAACGTTTACCCAATCCCCCACTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCTTACCAGTGAAGGGGTAAGAATGGCTATTTTTTCACTGGAGAATTAATAAATCCTCGCTACAATAGACTGAATTTCCCCTGCTTCTTCTTTTTGCTGCCCATTCAGGCGGCTTTTTAGTCTCTCATA > NC_000913/1742888‑1743432 | gATTATTTTCGTGGGTTATAATTTTCGCCACTTCGGAAGTGTGCATAAAATGCACTACCATTAAGTGTCCGCCAATTTCATCACGGGATTTCTCCGCCCGCTCAACGTTTACCCAATCCCCCACTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc < 4:7998/275‑1 (MQ=255) 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8:1062290/126‑1 (MQ=255) ccACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCgg > 7:405224/1‑102 (MQ=255) cGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGac < 5:366287/86‑1 (MQ=255) cGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGac > 6:366287/1‑86 (MQ=255) aGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTccacc > 5:438303/1‑46 (MQ=255) ccGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCcaccac < 7:468659/44‑1 (MQ=255) ccGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCcaccac > 8:468659/1‑44 (MQ=255) ccGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACAtt < 6:919083/147‑1 (MQ=255) cGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATccc < 6:563964/106‑1 (MQ=255) 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> 8:598740/1‑98 (MQ=255) ggTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATAc < 7:1078537/88‑1 (MQ=255) gTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTaaa < 7:837194/82‑1 (MQ=255) gTAACTCACCCAAATGCGTACTCAAATTTGGTTTCTCCTCAATCGACATCAGTTTTGCGGTGCCCTGCACAAACCCCGTAAACATACCTACAACTCCTGAAATCACTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATTGCAGGTGGAAAACGCCCTTACCAGTGAAGGGGTAAGAATGGCTATTTTTTCACTGGAGAATTAATAAATCCACGCTACAATAGACTGAATTTCCCCTGCTTCTACTTTTTGCTGCCCATTCAGGCGGCTTTTTATTCTCTCgta < 4:210237/275‑1 (MQ=255) tAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTc > 8:286209/1‑116 (MQ=255) | GATTATTTTCTGAGGTTAATATTTTCGCCACTTCAGCAGTGGTCATAATATGACCTGACATTAAGTGTCCGCCAATTTCATCACTGAATTTCGCCGCACGCTCAACGTTTACCCAATCCCCCACTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCTTACCAGTGAAGGGGTAAGAATGGCTATTTTTTCACTGGAGAATTAATAAATCCTCGCTACAATAGACTGAATTTCCCCTGCTTCTTCTTTTTGCTGCCCATTCAGGCGGCTTTTTAGTCTCTCATA > NC_000913/1742888‑1743432 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |