| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,743,165 | C→G | 6.5% | V26V (GTG→GTC) | ribC ← | riboflavin synthase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,743,165 | 0 | C | G | 6.5% | 474.2 / 18.0 | 138 | V26V (GTG→GTC) | ribC | riboflavin synthase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (65/62); new base G (5/4); total (71/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
TTAATATTTTCGCCACTTCAGCAGTGGTCATAATATGACCTGACATTAAGTGTCCGCCAATTTCATCACTGAATTTCGCCGCACGCTCAACGTTTACCCAATCCCCCACTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCTTACCAGTGAAGGGGTAAGAATGGCTATTTTTTCACTGGAGAATTAATAAATCCTCGCTACAATAGACTGAATTTCCCCTGCTTCTTCTTTTTGCTGCCCATTCAGGCGGCTTTTTAGTCTCTCATATAACTA > NC_000913/1742903‑1743438 | tttatatTTTCGCCACTTCAGCAGTGGTCATAATATGACCTGACAGTAAGGGACCGCCAATTTCATCACTGAATTTCGCCGCACGCTCAACGTTTACCCAATCCCCCGCTTTTAAATCGCAAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTa < 2:179129/272‑1 (MQ=255) 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TTAATATTTTCGCCACTTCAGCAGTGGTCATAATATGACCTGACATTAAGTGTCCGCCAATTTCATCACTGAATTTCGCCGCACGCTCAACGTTTACCCAATCCCCCACTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCTTACCAGTGAAGGGGTAAGAATGGCTATTTTTTCACTGGAGAATTAATAAATCCTCGCTACAATAGACTGAATTTCCCCTGCTTCTTCTTTTTGCTGCCCATTCAGGCGGCTTTTTAGTCTCTCATATAACTA > NC_000913/1742903‑1743438 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |