| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,789,082 | G→T | 5.3% | Q216H (CAG→CAT) | aroH → | 3‑deoxy‑D‑arabino‑heptulosonate‑7‑phosphate synthase, tryptophan repressible |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,789,082 | 0 | G | T | 5.3% | 473.3 / 11.0 | 131 | Q216H (CAG→CAT) | aroH | 3‑deoxy‑D‑arabino‑heptulosonate‑7‑phosphate synthase, tryptophan repressible |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (66/57); new base T (3/4); total (69/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.24e-01 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
CAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCAGCCTGCGATACGCTGCACGAGTTTGATTTACCTGAACATCTGGTGGTGGATTTCAGCCACGGTAACTGCCAGAAGCAGCACCGTCGCCAGTTAGAAGTTTGTGAGGATATTTGTCAGCAAATCCGCAATGGCTCTACGGCGATTGCTGGAATTATGGCGGAAA > NC_000913/1788812‑1789338 | aTTACTTTGACA‑GTAAATGGGCTGGGCGGCCAAACCGCGACCGAGTTCCGCGATATGGTGCCCGGTCAGTTTGTTGCTGATTTAATCGGTTGTGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGACAGTCAGAGCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAACAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTAACCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCa < 4:75408/274‑1 (MQ=255) 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aTTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATc > 2:248058/1‑275 (MQ=255) ggggCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCAGCCTGc > 2:513367/1‑275 (MQ=255) ggCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCAGCCTGCGa > 2:490498/1‑275 (MQ=255) 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CAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCAGCCTGCGATACGCTGCACGAGTTTGATTTACCTGAACATCTGGTGGTGGATTTCAGCCACGGTAACTGCCAGAAGCAGCACCGTCGCCAGTTAGAAGTTTGTGAGGATATTTGTCAGCAAATCCGCAATGGCTCTACGGCGATTGCTGGAATTATGGCGGAAA > NC_000913/1788812‑1789338 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |