| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 317,566 | G→A | 7.5% | pseudogene (128/129 nt) | ykgQ → | pseudogene, putative dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 317,566 | 0 | G | A | 7.5% | 258.1 / 10.1 | 80 | pseudogene (128/129 nt) | ykgQ | pseudogene, putative dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (38/36); new base A (3/3); total (41/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.59e-02 | |||||||||||
GTTACGTTTTAACGTAGACTCATTGTTCATGCCTAATGGAGGGACTGACAGTGGAATTTTCCGTATAGTCTGCTTCAGAGTATTGCAGATGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCTTCATCATCAGAAAGGGGGCCTGACGCCTGAAAAAGTGAACAACAGACAGTGTTCGGATTATCAATATTCAGTTTTTAACGTTGAACTGGATTCATTACTGCGTTGTTTAAGAATTTCCCGCGCCGAATCTGCCATTATCATGACTGCACCTGCCAGCATCAG > NC_000913/317335‑317827 | gTTACGTTTTAACGTAGACTCATTGTTCATGCCTAATGGAGGGACTGACAGTGGAATTTTCCGTATAGTCTGCTTCAGAGTATTGCAGATGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTaa < 4:502820/275‑1 (MQ=255) ttACGTTTTAACGTAGACTCATTGTTCATGCCTAATGGAGGGACTGACAGTGGAATTTTCCGTATAGTCTGCTTCAGAGTATTGCAGATGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAAc > 4:147237/1‑275 (MQ=255) aCGTTTTAACGTAGACTCATTGTTCATGCCTAATGGAGGGACTGACAGTGGAATTTTCCGTATAGTCTGCTTCAGAGTATTGCAGATGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTTGTTGTCTTGCTTTAAAAATACATTATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAAACTTTTaaacg > 4:412595/1‑272 (MQ=255) gTTTTAACGTAGACTCATTGTTCATGCCTAATGGAGGGACTGACAGTGGAATTTTCCGTATAGTCTGCTTCAGAGTATTGCAGATGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACa < 2:147238/272‑1 (MQ=255) gTTCATGTCTAATGGAGGGACTGACAGTTNNATTTTCCGTTTAGTCTGCTTCAGAGTATTGNAGATGCCCATCAAAAATCGATTTTTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTANGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCAct < 3:57722/275‑1 (MQ=255) aTGGAGGGACTGACAGTGGAATTTTCCGTATAGTCTGCTTCAGAGTATTGCAGATGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACATAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCtt > 1:57722/1‑260 (MQ=255) tGGAGGGACTGACAGTGGAATTTTCCGTATAGTCTGCTTCAGAGTATTGCAGATGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATAtctc < 4:363672/275‑1 (MQ=255) 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aCATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCa > 5:797305/1‑104 (MQ=255) aCATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCTTCATCATCAGAAAgg < 5:596286/123‑1 (MQ=255) aCATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCTTCATCATCAGAAAgg > 6:596286/1‑123 (MQ=255) aCATGATTAATATCAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCAc < 6:185024/75‑1 (MQ=38) aCATGATTAATATCAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCAc > 5:185024/1‑75 (MQ=38) aCATGATTAATATCAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCTTCATCATCAGAAAgg < 5:875160/123‑1 (MQ=255) aCATGATTAATATCAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCTTCATCATCAGAAAgg > 6:875160/1‑123 (MQ=255) ttgatATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAatat < 6:1064739/91‑1 (MQ=255) ttgatATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAatat > 5:1064739/1‑91 (MQ=255) ttgatATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATgg < 8:653129/93‑1 (MQ=255) ttgatATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCa < 7:921024/98‑1 (MQ=255) ttgatATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCa > 8:921024/1‑98 (MQ=255) ttgatATTAAGCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATgg > 7:653129/1‑93 (MQ=255) | GTTACGTTTTAACGTAGACTCATTGTTCATGCCTAATGGAGGGACTGACAGTGGAATTTTCCGTATAGTCTGCTTCAGAGTATTGCAGATGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACGACAAAAACCTTTTAACAGGGAGTGATATTGATCTTCACTCTGTCATATCTCCGGTAATATGGCGTCAGGCTTCATCATCAGAAAGGGGGCCTGACGCCTGAAAAAGTGAACAACAGACAGTGTTCGGATTATCAATATTCAGTTTTTAACGTTGAACTGGATTCATTACTGCGTTGTTTAAGAATTTCCCGCGCCGAATCTGCCATTATCATGACTGCACCTGCCAGCATCAG > NC_000913/317335‑317827 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |