| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,801,056 | A→T | 7.2% | N31I (AAT→ATT) | nrdI → | NrdEF cluster assembly flavodoxin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,801,056 | 0 | A | T | 7.2% | 383.9 / 16.0 | 111 | N31I (AAT→ATT) | nrdI | NrdEF cluster assembly flavodoxin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/55); new base T (4/4); total (52/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.28e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CGGGGCTTTGATTTTGAAATGATTAATGTCGATCGCGTTCCTGAAGCGGCAGAAGCGTTGCGTGCTCAGGGCTTTCGTCAGTTGCCGGTAGTGATTGCTGGCGATCTTAGCTGGTCTGGTTTCCGTCCGGACATGATTAACCGTCTGCATCCAGCGCCACACGCGGCCAGTGCATGAGCCAGCTCGTCTACTTCTCCAGCAGCTCCGAAAACACGCAGCGTTTTATCGAACGTTTAGGTCTGCCCGCGGTGCGCATCCCGCTCAATGAGCGGGAACGGATTCAGGTAGACGAGCCTTACATCCTGATCGTGCCCTCTTACGGCGGCGGCGGTACGGCTGGCGCGGTGCCACGACAGGTAATTCGCTTTTTAAACGACGAGCACAACCGGGCGTTGCTTCGCGGCGTTATTGCTTCTGGTAATCGCAACTTTGGTGAGGCGTATGGCCGCGCCGGAGATGTGATTGCCCGGAAATGCGGCGTGCCGTGGCTGTACCGTTTTGAACTCATGGGTACGCAAAGCGATATCGAAAACGT > NC_000913/2800792‑2801326 | cGGGGCTTTGATTTTGAAATGATTAATGTCGATCGCGTTCCTGAAGCGGCAGAAGCGTTGCGTGCTCAGGGCTTTCGTCAGTTGCCGGTAGTGATTGCTGGCGATCTTAGCTGGTCTGGTTTCCGTCCGGACATGATTAACCGTCTGCATCCAGCGCCACACGCGGCCAGTGCATGAGCCAGCTCGTCTACTTCTCCAGCAGCTCCGAAAACACGCAGCGTTTTATCGAACGTTTAGGTCTGCCCGCGGTGCGCATCCCGCTCAATGAGCGGGaa < 1:110103/275‑1 (MQ=255) gggCTTTGATTTTGAAATGATTAATGTCGATCGCGTTCCTGAAGCGGCAGAAGCGTTGCGTGCTCAGGGCTTTCGTCAGTTGCCGGTAGTGATTGCTGGCGATCTTAGCTGGTCTGGTTTCCGTCCGGACATGATTAACCGTCTGCATCCAGCGCCACACGCGGCCAGTGCATGAGCCAGCTCGTCTACTTCTCCAGCAGCTCCGAAAACACGCCGCGTTTTATCGAACGTTTCGGTCTGCCCTCGGTGCGCATCCCGCTCAATGAGCGGGAACg > 2:256179/1‑275 (MQ=255) gggCTTTGATTTTGAAATGATTAATGTCGATCGCGTTCCTGAAGCGGCAGAAGCGTTGCGTGCTCAGGGCTTTCGTCAGTTGCCGGTAGTGATTGCTGGCGATCTTAGCTGGTCTGGTTTCCGTCCGGACATGATTAACCGTCTGCATCCAGCGCCACACGCGGCCAGTGCATGAGCCAGCTCGTCTACTTCCCCAGCAGCTCCGAAAACCCGCAGCGTTTTATCGAACGGTTAGGTTTGCCCGCGGTGCCCCTCCCCCCCaagagccgggaccg > 4:98755/1‑263 (MQ=255) gtttttGAAATGATTAAGGTCGGTCGCGTTCCTGAAGCGGCAGAATCGTTGCGTGATAAGGGCTTGCGTCAGTTGCCGGTAGTGATTGCTGGCGATCTTAGCTGGTCTGGTTTCCGTCCGGACATGATTAACCGTCTGCATCCAGCGCCACACGCGGCCAGTGCATGAGCCAGCTCGTCTACTTCTCCAGCAGCTCCGAAAACACGCAGCGTTTTATCGAACGTTTAGGTCTGCCCGCGGTGCGCATCCCGCTCAATGAGCGGGAACGGATTCa < 4:481487/272‑1 (MQ=255) gAAATTATTAATGGCTTTCGCGTGCCTGAAGCGGCAGAAGCGTTGCGGGCTAAGGGCTTTCGTCAGTTGCCGGTAGTGATTGCTGGCGTGCTTAGCTGGTCTGGTTTCCGTCCGGACATGATTAACCGTCTGCATCCAGCGCCACACGCGCCCAGTGCATGAGCCAGCTCGTCTACTTCTCCAGCAGCTCCGAAAACACGCAGCGTTTTATCGAACGTTTAGGTCTGCCCGCGGTGCGCATCCCGCTCAATGAGCGGGAACGGATTCAGGTAGAc < 1:53736/275‑1 (MQ=255) gAAATGATTAATGTCGATCGCGTTCCTGAAGCGGCAGAAGCGTTGCGTGCTCAGGGCTTTCGTCAGTTGCCGGTAGTGATTGCTGGCGATCTTAGCTGGTCTGGTTTCCGTCCGGACATGATTAACCGTCTGCATCCAGCGCCACACGCGGCCAGTGCATGAGCCAGCTCGTCTACTTCTCCAGCAGCTCCGAAAACACGCAGCGTTTTATCGAACGTTTAGGTCTGCCCGCGGTGCGCATCCCGCTCAATGAGCGGGAACGGATTCAGGTAGAc < 2:369532/275‑1 (MQ=255) aTGATTAATGTCGATCGCGTTCCTGAAGCGGCAGAAGCGTTGCGGGCTCAGGGCTTTCGTCAGTTGCCGGTAGTGATTGCTGGCGATCTTAGCTGGTCTGGTTTCCGTCCGGACATGATTAACCGTCTGCATCCAGCGCCACACGCGGCCAGTGCATGAGCCAGCTCGTCTACTTCTCCAGCAGCTCCGAAAACACGCAGCGTTTTATCGAACGTTTAGGTCTGCCCGCGGTGCGCATCCCGCTCAATGAGCGGGAACGGATTCAGGTAGACGa < 1:58457/274‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tttATCGAACGTTTAGGTCTGCCCGCGGTGCGCATCCCGCTCAATGAGCGGGAACGGATTCAGGTAGACGAGCCTTACATCCTGATCGTg < 8:404352/90‑1 (MQ=255) aaCGTTTAGGTCTGCCCGCGGTGCGCATCCCGCTCAATGAGCGGGAACGGATTCAGGTAGACGAGCCTTACATcc < 7:1042768/75‑1 (MQ=255) aaCGTTTAGGTCTGCCCGCGGTGCGCATCCCGCTCAATGAGCGGGAACGGATTCAGGTAGACGAGCCTTACATcc > 8:1042768/1‑75 (MQ=255) tttAGGTCTGCCCGCGGTGCGCATCCCGCTCAATGAGCGGGAACGGATTCAGGTAGACGAGCCTTACATCCTGATCGTGCCCTCTTa > 6:935823/1‑87 (MQ=255) tttAGGTCTGCCCGCGGTGCGCATCCCGCTCAATGAGCGGGAACGGATTCAGGTAGACGAGCCTTACATCCTGATCGTGCCCTCTTa < 5:935823/87‑1 (MQ=255) gTCTGCCCGCGGTGCGCATCCCGCTCAATGAGCGGGAACGGATTCAGGTAGACGAGCCTTACATCCTGATCGTGCCCTCTTACGGCGGCGGCGGTACGGCTGGCGCGGTGCCACGACAGGTAATTCGCTTTTTAAACGACGAGCACAACCGGGCGTTGCTTCGCGGCGTTATTGCTTCTGGTAATCGCAACTTTGGTGAGGCGTATGGCCGCGCCGGAGATGTGATTGCCCGGAAATGCGGCGTGCCGTGGCTGTACCGTTTTg > 2:175150/1‑264 (MQ=255) tCTGCCCGCGGTGCGCATCCCGCTCAATGAGCGGGAACGGATTCAGGTAGACGAGCCTTACATCCTg < 7:595271/67‑1 (MQ=255) 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CGGGGCTTTGATTTTGAAATGATTAATGTCGATCGCGTTCCTGAAGCGGCAGAAGCGTTGCGTGCTCAGGGCTTTCGTCAGTTGCCGGTAGTGATTGCTGGCGATCTTAGCTGGTCTGGTTTCCGTCCGGACATGATTAACCGTCTGCATCCAGCGCCACACGCGGCCAGTGCATGAGCCAGCTCGTCTACTTCTCCAGCAGCTCCGAAAACACGCAGCGTTTTATCGAACGTTTAGGTCTGCCCGCGGTGCGCATCCCGCTCAATGAGCGGGAACGGATTCAGGTAGACGAGCCTTACATCCTGATCGTGCCCTCTTACGGCGGCGGCGGTACGGCTGGCGCGGTGCCACGACAGGTAATTCGCTTTTTAAACGACGAGCACAACCGGGCGTTGCTTCGCGGCGTTATTGCTTCTGGTAATCGCAACTTTGGTGAGGCGTATGGCCGCGCCGGAGATGTGATTGCCCGGAAATGCGGCGTGCCGTGGCTGTACCGTTTTGAACTCATGGGTACGCAAAGCGATATCGAAAACGT > NC_000913/2800792‑2801326 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |