| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,866,487 | G→C | 8.5% | intergenic (+22/+72) | ygbN → / ← rpoS | putative transporter/RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,866,487 | 0 | G | C | 8.5% | 306.7 / 18.4 | 94 | intergenic (+22/+72) | ygbN/rpoS | putative transporter/RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (55/31); new base C (4/4); total (59/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.32e-06 | |||||||||||
TACTGACAACCGGCGGGTTACTCTCAGAAGCGGTGATGGGATTGAATCCGATTCAGTGCGTATTGGTGACGCTGGCAGCCTGCTTTGGTGGGCTTGGTGCGTCACATATTAATGACTCAGGGTTCTGGATTGTGACCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGCTTCGATATTCAGCCCCTGCGTTTGCAGGATTTCGCGCAAACGGCGCAGGCCTTCAACCTGAATCTGGCGAACACGTTCACGGGTGAGGCCAATTTCACGACCTACATCTTCCAGTGTTGCCGCTTCGTACCCCAGCAAACCGAATCGACGTGCCAGCACTTCACGCTGTTTGGCGTTCA > NC_000913/2866218‑2866755 | tccTGCCACCCGGCGGGTTACTCTCAGAAGCGGTGATTGGATTGAATCCGTTTCAGTGCGTATTGGTGACGCTGGCAGCCTGCTTTGGTGGGCTTGGTGCGTCACATATTAATGACTCCGGGTTCTGGATTGTGACCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATc < 4:457767/273‑1 (MQ=255) tgtataagagacagggTTACTCTCAGAAGCGGTGATGGTATTGAATCCGATTCAGTGCGTATTGGTGACGCTGGCAGCCTGCTTTGGTGGGCTTGGTGCGTCACATATTAATGACTCAGGGTTCTGGATTGTGACCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATc < 1:59745/261‑1 (MQ=255) aCTGACAACCGGCGGGTTACTCTCAGAAGCGGTGATGGGATTGAATCCGATTCAGTGCGTATTGGTGACGCTGGCAGCCTGCTTTGGTGGGCTTGGTGCGTCACATATTAATGACTCAGGGTTCTGGATTGTGACCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCg > 1:19017/1‑275 (MQ=255) tgggaaaCGGGCGGGGGACTCTCGGAAGCGGTGATGGGATTGAATCCGATTCAGTGCGTATGGGTGACGCTGGCAGCCTGCTTTGGTGGGCTTAGTGCGTCACATATTAATGACTCAGGGTTCTGGATTGTGACCAAAGATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCg < 1:20987/269‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |