| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,202,009 | A→T | 6.0% | Q40L (CAG→CTG) | cca → | fused tRNA nucleotidyl transferase/2'3'‑cyclic phosphodiesterase/2'nucleotidase and phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,202,009 | 0 | A | T | 6.0% | 409.1 / 14.3 | 118 | Q40L (CAG→CTG) | cca | fused tRNA nucleotidyl transferase/2'3'‑cyclic phosphodiesterase/2'nucleotidase and phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (64/46); new base T (2/5); total (66/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.21e-04 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
TGGCTTGCTGCTCGGTCTGGTACTGCCGCACCTGATCCCAAGCCGCAAACGCAAAGATCGCTGGATGAACTAAATCGCCTTCTTCGTTGCACTGTCTTATTATTAGGAATTGTGTATTTGACGAAGGGATGATGGCGTGAAGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGACAGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTACGCCACAGGAGATGCTCGACGCGGGCTACCAGCAGGTAGGCCGCGATTTTCCTGTGTTTCTGCATCCGCAAACGCATGAAGAGTATGCGCTGGCACGTACCGAACGGAAATCCGGTTCCGGTTACACCGGTTTTACTTGCTATGCCGCACCGGATGTCACGCTGGAAGATGATCTTAAGCGTCGCGATCTGACCATTAATGCGCTGGCCCAGGACGATAACGGCGAGATTATCGACCCGTACAACGGTCTGGGCGATCTGCAAAATCGTCTGTTGCGCCATGTTTCCCCCGCTTTTGG > NC_000913/3201755‑3202276 | tggcttgCTGCTCGGTCTGGTACTGCCGCACCTGATCCCAAGCCGCAAACGCAAAGATCGCTGGATGAACTAAATCGCCTTCTTCGTTGCACTGTCTTATTATTAGGCATTGTGTAATTGACGAAGGGATGATGGCGTGAAGATTTATCTGGTCGGTGGTGCTGTTCGGGATGCATTGTTAGGGCTACCGGTCAAAGATTGAGATTGGGTGGTGGTCGGCAGTAGGCCACAGGAGATGCTCGACGCTGGCTACCAGCGGGTAGGGCGCGAtttt > 1:150612/1‑274 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |