| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 344,704 | A→T | 5.2% | K177* (AAA→TAA) ‡ | yahL → | uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 344,704 | 0 | A | T | 5.2% | 408.6 / 6.3 | 112 | K177* (AAA→TAA) ‡ | yahL | uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/57); new base T (3/3); total (51/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
ACCATAAATGTGCAGTTTAATGATTTCCCTGGATTTTATGACTGGATGGATTACCCTGATCACCCGGTTAAGTTTGTTTTTCACATACTTGAAAATCAAAAAGGGACAGTTTGGGTATATGACCAGGATGATGCGTTTCTTGATATTAAAGCAAACGTGCAGGCTGGACGCTTTACCGGGCTTAAGAAATTAGTGCAGTTTATCGATTCAGTGCGAACAGATTGCAAATGTATTCTTCTTGAATACCATATGCCTTTGCTGAGAATTTTCCCTAAAGGGAAAGAGTGTATGCATGTGGAAAAATGGCTTCGCGAAATGTCGTCTATTCCGGAGACAGACGCGCCCATTAAGCAGGCGCTTGCGCATGGATTATTATTACACTTAAAAAATATCTACCCTGTTTTTCCTGAATCACTGGTGATGTTATTGCTCTCTGTTCTGGACGTAAAAACATACAGAGATGATGCGCGATTAAATGAATGGATATCTAATAGAGTGCAGGAATTAGGTGACAGATATTATCC > NC_000913/344431‑344954 | aCCATAAATGTGCAGTTTAATGATTTCCCTGGATTTTATGACTGGATGGATTACCCTGATCACCCGGTTAAGTTTGTTTTTCACATACTTGAAAATCAAAAAGGGACAGTTTGGGTATATGACCAGGATGATGCGTTTCTTGATATTAAAGCAAACGTGCAGGCTGGACGCTTTACCGGGCTTAAGAAATTAGTGCAGTTTATCGATTCAGTGCGAACAGATTGCAAATGTCTTCTTCTTGAATACCATATGCCTTTGCTGAGAATTTTCCCTaa > 4:2023/1‑275 (MQ=255) 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ACCATAAATGTGCAGTTTAATGATTTCCCTGGATTTTATGACTGGATGGATTACCCTGATCACCCGGTTAAGTTTGTTTTTCACATACTTGAAAATCAAAAAGGGACAGTTTGGGTATATGACCAGGATGATGCGTTTCTTGATATTAAAGCAAACGTGCAGGCTGGACGCTTTACCGGGCTTAAGAAATTAGTGCAGTTTATCGATTCAGTGCGAACAGATTGCAAATGTATTCTTCTTGAATACCATATGCCTTTGCTGAGAATTTTCCCTAAAGGGAAAGAGTGTATGCATGTGGAAAAATGGCTTCGCGAAATGTCGTCTATTCCGGAGACAGACGCGCCCATTAAGCAGGCGCTTGCGCATGGATTATTATTACACTTAAAAAATATCTACCCTGTTTTTCCTGAATCACTGGTGATGTTATTGCTCTCTGTTCTGGACGTAAAAACATACAGAGATGATGCGCGATTAAATGAATGGATATCTAATAGAGTGCAGGAATTAGGTGACAGATATTATCC > NC_000913/344431‑344954 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |